沟口生在日本舞鹤一个穷乡僻壤的地方，天生结巴，严重自卑，不愿接近人群，自幼养成孤僻的性格。他听父亲说：“世上没有什么比金阁更美的了。”于是他常常幻想着金阁的美。父亲亡故后，沟口遵照父亲的遗愿到金阁寺当了僧徒。金阁的幻影展现在他面前时，正值战局恶化，他幻想着金阁遭空袭燃烧的模样，觉得金阁面临彻底而简单的毁灭的命运，自己心中绝对化了的美可能会由此而消失。由于这种虚幻性和悲剧性，金阁的美在他心中更加辉煌灿烂。
战争最终没有毁灭金阁。金阁不仅没有像他期待的那样落得个悲惨的结局，而且它还像夸耀似的以其美的永恒性展现在他的面前。只是在他的内心里，金阁在继续崩溃着。他承蒙住持的好意推荐，上了大谷大学，认识了“内翻足”的柏木。柏木诱惑他，教给他恶作剧，企图玷污一个女子，但被金阁的幻影所阻挠。他向金阁喊：“你为什么要隔绝我的人生？我总有一天要支配你！”
有一天，他目睹住持嫖妓的事，彷徨于不能解决的绝对的美与丑的对立的现实，苦恼于肉体的劣等意识，还有与僧师的关系破裂，促使他从金阁出走，面对着日本的黑沉沉的海面，他一味沉思：我必须将长期束缚着自己的金阁烧掉！终于在一个细雨蒙蒙的夜晚，他放一把火将金阁化为灰烬。他望着熊熊的大火，心想：我想活下去！
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