笛卡儿虽然被誉为“现代哲学之父”，可是围绕着他的思想却有一系列的未解之谜，人们甚至在他到底是现代哲学的开刨者还是最后一位中世纪神学家这样的基本问题上都不能达成一致。本书立足于西方古人与现代人在宇宙观、身体观上的根本差异，推出笛卡儿思想的革命性乃在于，他将人类理智确定为宇宙秩序的描画者从而剥夺了上帝作为宇宙统治者的地位。以这个逻辑推理为基础，并结合传记所揭示的笛卡儿的性格、生平事迹及写作方式，作者李琍认定，得出足以摧毁旧世界秩序结论的笛卡儿一辈子都在努力掩饰自己的真实思想。在对《拒绝哲学沉思集》进行了多维透视与解剖分析之后，本书最终以严密的推理与详实的材料令人信服地得出结论：《拒绝哲学沉思集》这本在当时以及后世屡遭攻击之作之所以显得逻辑混乱，乃是由于笛卡儿狡猾地将一篇旨在为自己新物理学奠基之作包装成为基督教的护教作品。
所以，对于持目的论身体观的人而言，研究身体结构并非为了彻底了解身体从而掌控身体，而是为了赞美造物主的伟大。
那么，机械论身体观对待身体又是一种怎样的态度呢？笛卡儿常常把身体比作闹钟或风车之类的机器，这类机器的创造者当然就是工程师。就算他承认上帝作为创造身体的工程师无比杰出高妙、其作品无比复杂精巧，可是，这类机器的特点就是它可以被完全拆开再重新组合复原。因此，人类理智只要有足够的时间，最终就可以把组成身体这部机器的所有零件都认识清楚。可以说，机械论身体观是立足于各种条件去组合推演出最终的结果，而科学家千百次地重复这个组合推演的过程最终是为了复制出这部身体机器，这就是现代生命科学最终期望达到的结果。
我们不敢肯定身处17世纪的笛卡儿已经有了这番雄心壮志，但我们从他的著作已经可以看到，他对彻底了解身体并且借此来保证身体健康确实是信心满满。《谈谈方法》第六部分笛卡儿宣布知识可以帮助我们成为自然的主人翁，紧随其后他这样说道：“我们可以指望的，不仅是数不清的技术，使我们毫不费力地享受地球上的各种矿产、各种便利，最主要的是保护健康。健康当然是人生最重要的一种幸福，也是其他一切幸福的基础，因为人的精神在很大程度上是取决于身体器官的气质和状况的。如果可以找到一种办法使每一个都比现在更聪明、更能干，我认为应当到医学里去找……如果我们充分认识了各种疾病的原因，充分认识了自然界向我们提供的一切药物，我们是可以免除无数种身体疾病和精神疾病，甚至可以免除衰老，延年益寿的。”（ATⅥ62，CSMI143，中译本，第49-50页）我们完全可以说，机械论身体观的出现，意味着近代人对待身体的态度与古人有了根本的区别：既然我们可以像了解钟表那样了解身体的运行，那么我们就可以像保养钟表那样经常给身体上上油、擦擦灰、紧紧发条，可以在某个小零件坏了的时候立即修理更换以免累及其他部分造成不可挽回的后果；更关键的是，当身体遭受了某些突发灾难、致命打击的时候，我们就再不必像古人那样只会向神灵哭喊，而是可以冷静地划开身体对之施以抢救。
大致考察了笛卡儿的物理学与生理学思想之后，我们可以得出结论：笛卡儿重新描画了宇宙图景、重新确定了人在宇宙中的地位、重新规定了知识的目的与使命，他相信经过世世代代的努力，人类理智最终完全能够彻底理解并掌控包括我们身体在内的整个形体世界。这样一来，他其实架空了上帝这个造物主，因为人类根本不再需要上帝这个神圣的、超越的力量来掌控整个世界，人类自己就可以掌控整个世界了。由此不难推出，笛卡儿在重新描绘宇宙图景的同时，也重新描绘了人生图景，宇宙中再没有完美的天界，这其实意味着，人生的目的与意义再也不是身体消亡之后灵魂升入天堂。
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