专业结构方面的问题。据统计，全国300万考生中，有三分之二以上是报考党政干部、中文、法律专业的，其他二十几个专业的考生总数不足全部考生总量的三分之一。到1986年底辽宁省已毕业的21993人中，学党政干部专业的18227人，学中文专业的2419人，其余八个专业的毕业生数之和只有1347人；在籍考生（有一科以上考试合格，尚未毕业）160845人中，党政干部专业的考生77131人，中文专业的考生17889人，统计专业的考生18524人，工业经济专业的考生10304人，其他十二个专业的考生数之和只有33978人（另有3019人未报考具体专业），仅占考生总数的21%。显然，这与经济和社会发展对不同专业人才的需要是不相适应的。长期下去，必将造成人才专业结构的严重失调。
层次结构方面的问题。高教自学考试，主要办专科，有限制地开考本科，这是体现自学高等教育特点的正确做法。但是，由于规定“凡中华人民共和国公民，不受年龄、学历的限制，均可申请报考”，也由于某些政策方面的原因，除经国家有关部门批准限制对口报考的个别专业外，大量考生学用不一致，从而使原已存在的盲目追求高学历的“文凭热”愈演愈烈，使原已数量不足、又不稳定的初、中级管理人员和高级技术工人队伍受到一定的冲击。实践证明，技术工作不仅有专业之分，也有层次之别，不同层次的人才比例要适当，形成合理的人才层次结构；同时，不同层次的技术工作，也同样是学无止境的，同样可以在本岗位上成长为专家。盲目追求高学历，追求高层次工作岗位，势将出现人才的断层，并造成大批人员要求调整工作的非正常状态。
毕业生的质量问题。自学考试毕业者的质量，主要是通过两个方面、诸多环节的工作来保证的。第一个方面是制定考试标准，包括制定专业考试计划、编写课程考试大纲、编写考试用书或指定学习书目等项工作。由于没有现成经验可供借鉴，现行各专业的考试标准都是参照普通高校的同层次学历的标准制定的，即参照普通高校的教学计划、教学大纲、教材，确定考试计划、考试大纲和学习书目。但是，普通高校的学生是从高中毕业生中经过高考选拔上来的，教学计划、大纲是在严格的教学管理的条件下实现的，教材的学习是在教师传授中进行的，而自学考试则没有这些条件的保证，很难说如此制定的标准是正确反映自学者特点的适当的标准。第二个方面是按照考试标准检查考生所达到的水平，包括命题、考试、评卷等项工作。由于当前还是按传统的办法，主要依靠主考者的经验命题、阅卷，很难保证每次考试都恰当地坚持了标准，都具有很高的信度和效度，而考试又是确保自学高等教育质量的关键的甚至是唯一的环节，因此，很难保证自学考试的毕业者都确实达到了规定的学历标准。从这种意义上说，当前的自学考试工作虽已在全国普遍展开，但也还是处于试验的阶段。在这种情况下，放开手脚办自考，年毕业几万、十几万，是否适当是值得研究的，搞不好很可能会把这个适合我国情况的好事反而搞糟了。
社会助学的管理问题。随着自学考试的开展，社会上出现了一股“助学热”，这是挖掘社会智力潜能，推动“自学热”，帮助自学者成才的大好事。但在一个省份内就有数百个助学组织的情况下，如不加强指导和管理，好事也可能引出坏的结果。如乱编滥发质量低劣的助考材料，押题式的辅导，命题人员帮助备考，很难说对提高自学高等教育质量有多大益处。
上述情况表明，加强对自学高等教育的宏观控制，是确保自学高等教育健康发展的一项刻不容缓的工作。
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