学科课程强调学科知识本位的价值取向，儿童中心课程又过分强调课程的儿童本体价值取向，而整合课程则代表了一种新的课程价值取向，它明确强调课程的儿童本体价值与文化社会价值的整合，强调学科中知识、技能与能力的整合，强调儿童认知发展与情意发展的整合。
接下来，我们须解决如何整合的问题。
要找到整合的指导思想，第一要确立正确的整合价值观，第二要找到恰当的整合中心，第三要找准课程的整合模式。
第一，课程价值观念，是课程整合的核心。有学者指出，只有确立了课程价值观念，课程整合才会成为实质性的而非形式性的。美国“2061计划”确立的“科学文化”价值观念，实质上是后现代主义的工具理性还原理念的体现，无法经受得住人本主义关于理性与非理性、认知与情意整合主张的质问。
自主性活动整合课程主张用“整体有机论”作为课程整合的理论基础。这一理论认为，自然、社会、儿童是一种整体有机统一的关系。这种整体有机统一的性质在每个主体的精神世界中具体表现为人的自然性、社会性与自主性的有机统一，它是人的主体性的实质。在这里，自然、社会、儿童两两之间的二元对立得以消解；教育的终极目的则直接指向儿童的新的主体性的生成——儿童的自然性、社会性、自主性的健全发展。这样一种新的主体教育观反映在课程的价值变迁中，便使课程由对知识的追求转向对意义的追求，由对工具理性的追求转向对价值理性的追求，由对认知、智能的追求转向对个性价值的追求。
第二，自主性活动整合课程需要找到整合的中心。有学者提出，新中国建立后的几十年间，已经形成了指导、支配课程和教材实践的课程理论——双基理论。
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