一是食品安全法所确立的分段监管体制，一方面与食品卫生法所确立的由卫生行政部门一家负责对食品卫生进行监管的体制不同，另一方面也与国务院2004年发布的《关于进一步加强食品安全工作的决定》（以下简称《决定》）所确定的对食品安全实行分段监管的体制有所不同，具体体现在卫生行政部门与食品药品质量管理部门的职责作了互换：《决定》规定的是卫生部门负责餐饮业和食堂等消费环节的监管，食品药品监管部门负责对食品安全的综合监督、组织协调和依法查处重大事故；而食品安全法则规定，食品药品监督部门负责餐饮业和食堂等消费环节的监管，卫生行政部门负责对食品安全的综合协调和依法查处重大事故。此外，卫生部门还负责食品安全风险监测和评估、食品安全标准制定、食品安全信息公布、食品检验机构的资质认定条件和检验规范的制定，以及组织重大食品安全事故的查处。
二是关于县级以上地方人民政府在食品安全监督管理中的职责。在食品安全监督管理中，县级以上地方人民政府承担着重要的责任，包括：一是统一负责、领导、组织、协调本行政区域的食品安全监督管理工作，建立、健全食品安全全程监督管理的工作机制；二是统一领导、指挥食品安全突发事件应对工作；三是完善、落实食品安全监督管理责任制，对食品安全监督管理部门进行评议、考核。目前，一些地方所实行的食品安全监管体制与中央一级的体制并不完全一致，存在上下不对口的问题，如承担食品安全的综合协调部门，根据国务院2004年确立的食品安全管理体制，在中央一级，是由食品药品监督管理部门负责，而在省一级，有的是把食品安全综合协调的职责放在工商部门，有的是放在经贸委，这种体制上的上下不对口，会影响国务院有关部门通过上下层级间的领导关系来履行其所承担的监管职责。为避免这一问题的产生，食品安全法明确规定：县级以上地方人民政府依照本法和国务院的规定确定本级卫生行政、农业行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门的食品安全监督管理职责。有关部门在各自职责范围内负责本行政区域的食品安全监督管理工作，从而使各个部门的职责从中央到县级都上下对口，从而有利于对食品安全的有效监管。
三、国外的食品安全管理体制
综观世界各国，可以说均根据各自国情建立了适合本国的食品安全
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