1368年，朱元璋在应天府（今南京）称帝，建立了大明王朝。作为中国历史上的第二个草根皇帝，朱元璋在很多地方不得不仿效其前辈刘邦。
他与刘邦都是从一介平民，历经艰辛，排除万难，才成为九五之尊的。
历代开国之君，都有所作为，并且为王朝的稳固和发展作出了突出贡献。朱元璋虽是草莽出身，却也经历了元末的农民起义，最终掌握了统治天下的要诀。唐太宗曾经说过：“以铜为镜，可以正衣冠；以史为镜，可以知兴替：以人为镜，可以明得失。”朱元璋作为皇帝，为再造盛世王朝，必然要借鉴汉唐的治国经验。
汉承秦制、唐继隋制并非只是完全模仿，而是经过改弦更张，才创造了汉唐盛世。明朝的制度也必须适应当时社会发展的实际情况，以维护新建立的王朝。为了取得长治久安，延续朱家万世江山，朱元璋及其继任者对大明王朝的政治制度进行了变革或创新。
他们在行政上的改动最大。自秦始皇在中央设置三公九卿以来，丞相之职就一直保留。虽然历经各朝各代，丞相的称谓有所变化，却依然保有其职。隋唐时期，设三省六部，三省为中书省、门下省、尚书省，六部为吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。隋唐的三省六部中，三省长官都可以称丞相。隋唐制度多被后世沿用，直到元朝，改中央三省为中书省，地方行政机构为行中书省（简称行省），才形成了中国如今行政区域划分的雏形。
在明朝初期，依然以中书省总揽全国事务，分置左右丞相。丞相的权力过大，与皇权存在很多摩擦，很容易导致统治不稳。朱元璋起初以李善长为左丞相，徐达为右丞相，一文一武相得益彰。之后李善长隐退，徐达长时间出征在外，继任丞相的胡惟庸逐渐成为权倾朝野的大人物。随着胡惟庸权力的扩张，相权与皇权之间的矛盾日渐明显。朱元璋为人谨慎，猜忌心强，见大权旁落，必然会对胡惟庸动手。
洪武十三年（1380年），朱元璋以擅权忤逆、培植朋党的罪名诛杀胡惟庸，并趁机废除了中书省，取消了丞相之职。本来由中书省承担的政务分摊到六部，并提高了六部的品秩。将相权一分为六，皇帝就更容易掌控朝局，加强皇权的集权程度。
行省长官，总揽地方上的军政、民政、财政和司法等大权，成为朝廷不得不防备的一大隐患。有鉴于此，朱元璋在洪武九年（1376年）废除了行省。朝廷将行省之权一分为三，分别设立主管一省民政和财政的承宣布政使司、监察司法的提刑按察使司、掌管军事的都指挥使司，合称三司。在地方上进一步分权，就更有利于皇帝一人的统御。
在监察司法方面，又改御史台为都察院，与大理寺（中央有五寺：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺）、刑部共同理刑，合称三法司。三法司的建制，被清朝所沿用，在司法方面起到重大的作用。为了提高监察力度，中央仿照六部建制，设立了六科给事中，负责稽查各部。
在军事建制上，朱元璋废除大都督府，将其分为左、右、前、后、中五军都督府。每个都督府设左、右都督，负责管理京师和地方卫所、都指挥使司。都督府只是负责军队的管理和训练，而无权调遣军队。兵部有调兵遣将之权，却没有直接统率军队的权力。都督府与兵部相互掣肘，便不能对皇权构成威胁。这与北宋政府设三行统领禁军和枢密院相互牵制一样，有异曲同工之处。
经过行政、监察司法、军事三方面的改革，明朝的统治已经稳固。朱元璋并不满足于仅仅稳固统治，还要实现皇权高度集中。为了实现这个梦寐以求的宏愿，朱元璋及其继任者逐步制定了很多超越前人的制度。
首先建立锦衣卫。洪武十五年（1382年），朱元璋将负责警卫事务的亲军都督府的仪鸾卫改为锦衣卫。锦衣卫被授予侦查、缉捕、审判、处罚罪犯等大权，直接听命于皇帝。这是明朝建立的一个正式的特务机构，有一定建制和人力配置，可以不避皇亲国戚，也可不公开审讯，对一切威胁到皇权的人进行打击。朱元璋通过锦衣卫，可以知道臣下私下里吟了哪首诗，可以知道臣下的喜怒形色，令明朝臣民不寒而栗。在朱元璋设立锦衣卫后，明成祖朱棣又设立东厂，明宪宗朱见深设立西厂，明武宗朱厚照设立内行厂，从而形成了“前无古人，后无来者”的厂卫制度。
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