牟先生认为华严之判教固然不尽，而天台智者大师之判教亦不尽当，因而他对佛教重新判释。他的判教虽主要依据天台之判，但认为天台智者大师判通教时有两点不尽当：其一是视通教为大乘，但并未能真正搞清大小乘之决定原则。在观法上，通教之体色入空比藏教小乘之析色入空进了一步，但在解脱和佛果两方面，通教与小乘同。再说由“析法空”入“体法空”只是观法之“拙”与“巧”的问题，并不能决定它们是否为大、小乘。依天台，判释“乘”之大小之原则是悲愿问题和对法之根源了解问题，这两个问题实质上是一个问题，那就是佛性问题。龙树学与般若经根本未进至真常不空之佛性观念，故而天台对通教之说明并不恰当。其二，智者大师分共般若与不共般若亦不恰当。智者大师认为，般若部中有通、别、圆教，通教为共般若，别、圆两教为不共般若，共般若是言其般若与小乘为共，不共般若是言其不与小乘为共。牟宗三认为，般若只有一个，并无共与不共之分。般若所表现只是一融通淘汰之精神，这精神既可在通教中表现亦可在别教中乃至圆教中行。因而它是共法，是任何教相皆不能违背者。这样牟先生就对通教重新判别。他认为，应将通教划分为无限定意义之通教和有限定意义之通教两种。所谓无限定意义之通教就是般若部中般若融通淘汰之精神及龙树学的中观精神，它是一切大小乘之共法，它不能确定乘之大小，教相之藏、通、别、圆，它只是随大小乘及藏、通、别、圆如影随形地表现其妙用。所谓有限定意义之通教专指龙树学所表现出的有限定的特殊教相。牟先生认为《般若经》只是共法，但龙树学说就不仅仅是共法，它尚有特殊之教相。这是说龙树学只限于界内分段身，未能进入第七识与第八识，它对一切法无根源之说明，对佛性之了解亦未能进至如来藏恒沙佛法佛性，这样就显出它是一有限定意义的特殊教相，故单称龙树学之《中论》为通教较公允。
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