植物药（包括来源于植物的中药材）的提取物（包括中药的汤剂）与化学合成药最根本的区别是，它（即使是单味药材）是多种化学成分的混合体。这种多种化学成分的综合构成了“中药化学信息”。以中药材而言，经过一个多世纪的植物化学研究和药理药效研究，人们越来越认识到中药的药效不是来自任何单一的活性成分，而基本上是多种活性成分，甚至与“非活性成分”的协同作用或“生克作用”，因此中药中的化学信息具有一定的模糊性。只有部分化学信息（包括已知的活性成分、已知的非活性成分、一部分未知成分）可表征于指纹图谱中。
中药指纹图谱实际是中药（包括中药单味药与中药复方制剂）所含化学成分的整体性表征，它不但是中药整体质量控制手段，而且还是中药种植基地规范化、中药生产标准化的有力监控手段。只有对中药指纹图谱的化学成分建立起快速定性和相对定量分析的新方法，较为全面地探明中药指纹图谱的化学基础，才能解决中药长期处于“丸散膏丹，神仙难辨”的被动局面。
中药指纹图谱研究须经过制备、分析、比较、评价和校验等过程。分析色谱指纹图谱要求“准确的辨认（accurate recognition）”，而不是“精密的测量（precise measurement）”：比较供试品与对照品的指纹图谱是要求“相似（similarity）”，而不是“相同（identity）”。评价比较的结果，是根据指纹图谱的模糊属性（fuzzy feature），着眼于宏观规律的特征分析，即着重辨认完整色谱的“图貌”，而不是求索于细枝末节。分析比较的结果，是对供试品与对照品之间的差异或一致性作出评价。
药物研究的主要内容包括药物的安全性、有效性、稳定性和可控性，四者缺一不可。对已生产并临床应用的注射剂等中成药，由于经过了药效学测试、临床评价，安全性与有效性应不存在问题。然而，现有质量控制方法的不全面性及生产过程中的不稳定性导致各批次产品之间质量出现差异，在临床应用过程中往往出现非正常的医疗事故。指纹图谱研究的直接目的有以下两个方面：第一，对中药质量控制的补充和提高。现有《中华人民共和国药典》质量控制方法及新药申报资料7，往往以1个或2个以上成分为控制指标，在一定程度上反映了原药材、中间体及成品的质量，但任何单一的活性成分或指标成分都难以准确、全面地评价中药质量，不仅不能进行真伪鉴别和优劣判别，有很多情况所检测的指标成分（活性成分）还不具有“唯一性”，如熊果酸、齐墩果酸、大黄酸、人参皂苷Rg1、人参皂苷Rb1等，同属其他植物也均含有该成分；而且使用的器材比较简单，操作也比较粗糙，有时重现性差。《中药注射剂色谱指纹图谱实验研究技术指南（试行）》要求将指纹图谱检测指标及技术要求作为质量标准单列项目，这是对现行中药质量控制方法的有益补充。
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