1.客户主导
检验检疫危险源是层层叠加的，风险管理体系是自下而上的，而企业作为质量的第一责任人，是产品质量保障的主体。各级检验检疫机构即是自身风险控制的主体，又是对企业或下一级检验检疫机构风险监管的主体，所有风险评估中的内外环境因素在一定程度上都属于一个主体的内部环境因素，如果每个风险主体都能有效控制自身的内部环境因素，都能消除自身的危险源，那么风险管理便能收到最大的成效。在风险管理体系中，各个主体都应该发挥自身的风险管理主动性，在内部建立一套确保可操作性的、完善的风险管理体制，并确保风险管理的各项举措落到实处。
2.内部控制
内部控制是风险管理的核心内容，物必先腐而后虫入之，所有的检验检疫业务风险都是因为内部控制出现纰漏，从而导致了风险隐患转变成了危险源，更造成了危害的发生。因此，各个风险主体都应建立一套对自身风险体系进行监控的内部控制程序，对自身风险管理的完善与否及落实与否进行定期的监控及整改。而外部的监管只是作为对内控体制的有效补充，起到一层保护膜的作用，外部监管的方式也是通过确认内部控制是否可以充分发挥其作用，外部监控的举措还包括协助客户完善内部控制体制。
3.风险督察
风险督察是风险管理的基本操作技术之一，上级风险管理主体对下级风险管理主体的主要参与手段则是对下级风险管理体系是否建立、是否有效运行进行客观全面的风险督察，并在此督察的基础上评价下级风险管理体系的风险等级及有效性，并针对性地开展风险处置。
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