民元后，曹元弼不问世事，闭门著述，他于1935年写成的《孝经郑氏注笺释》三卷并《孝经校释》一卷，也成为曹氏《孝经》学的代表作。因不信日本回传《群书治要》所存郑注，《孝经郑氏注笺释》之体例颇为特别。盖刊落《治要》所存郑注，邢疏、《释文》所录，不过郑注全轶之一半前后。是故曹氏先列经文，其后考注，再为笺释。而其考注，则有时而录郑注他经之文以补全之。 与《孝经学》的略释大义不同，《孝经郑氏注笺释》极尽精详。在该书中，他重构了《孝经》与六经的关系，并且以《孝经》学的“爱敬”之理贯穿、统摄六经，建构了一个新的经学体系。简言之，就是以《孝经》会通六艺。曹元弼的种种努力，是为了重建在近代变革中被冲击和瓦解的经学。今据民国二十四年（1935）刊本整理。