对每一位遗体的尊重和妥善处理，既是对遇难者的告慰，也是对生者的抚慰。国务院抗震救灾总指挥部多次召开会议研究善后事务处理问题，要求做好遇难者遗体的身份辨认和火化、埋葬，做好遇难者家属的抚慰，做好灾区“三孤”人员安置工作。
5月18日，民政部、公安部、卫生部联合印发《“5·12”地震遇难人员遗体处理意见》，对遗体处理方式、遗体辨认程序、境外人员遗体处理、卫生防疫、协调配合和经费保障等提出明确要求。随后又提出，对因灾受伤人员转移救治中死亡的遗体，由民政部门指定当地殡仪馆统一负责火化。
公安、卫生部门按照国际标准对遗体进行编号、记录、拍照和提取DNA样本，建立遇难者身份鉴别DNA数据库，开展遇难者DNA鉴定。其间，公安机关共检验遗体840具，提取生物检材3394份，检验遇难者DNA检材3394份、遇难者亲属DNA样本5205份，通过数据库比对确认525名遇难者身份，并通过各部门反馈给遇难者亲属，为准确识别遇难者身份，妥善处理遗体，提供了科学证据。
尽量让遇难者走得安详、体面安葬，是处理遇难者遗体的重要原则。为防止细菌或病毒传播，在完成遇难者身份鉴别、遗体消毒的同时，遇难者遗体火化或掩埋工作迅速开展，对所有遇难者遗体，有条件的尽量火化，缺乏条件的就地掩埋。针对灾区火化力量不足的情况，四川省非灾区、轻灾区从人员、设备方面支援重灾地区遗体运输、火化工作，同时协调石家庄市、重庆市、贵阳市59名火化技术人员和遗体整容人员赴都江堰市，开展遗体鉴别、整容、火化等工作。都江堰市实行发现遇难者遗体后立即运走，装车前先在车厢里垫一层沙土或塑料布等。掩埋前，尽量对遗体进行拍照和记录性描述，遗体处理尽可能火化；若无条件，尽可能在远离生活区和水源地的固定地点、集中掩埋。在对遗体及局部土壤进行消毒处理后深埋地下1.5~2米，上面加盖石灰和土壤等。德阳市在遇难者遗体处理中，凡有亲属认领并愿意火化的由民政部门安排火化并免收火化费；无人认领的，按照卫生防疫和环境保护相关要求就近掩埋。在遗体处理中，各地注意尊重当地风俗习惯和少数民族习俗。绵阳市对北川羌族遇难群众遗体，按照羌族习俗在天黑后为其穿上羌族民族服装再进行火化；甘肃省临夏回族自治州等地按照少数民族风俗对遇难回族同胞进行安葬。
举国哀悼罹难同胞
为表达全国各族人民对地震遇难同胞的深切哀悼，5月18日，国务院发布公告，决定19-21日为全国哀悼日，在此期间，全国和各驻外机构下半旗志哀，停止公共娱乐活动，外交部和中国驻外使领馆设立吊唁簿。
5月19日凌晨，天安门广场。4时开始，国旗旗杆附近陆续围出一道道人墙，来自全国各地的人们肃立在周围。4时56分，五星红旗伴随着雄壮的国歌声冉冉升起。4时58分，国旗缓缓降到旗杆的1/3处，下半旗志哀。国旗缓缓降下，升起的是人的尊严。在现场，各界群众集体肃立，向国旗行注目礼，向地震遇难同胞表示深切哀悼。
5月19日14时28分，胡锦涛、江泽民、吴邦国、温家宝、贾庆林、李长春、习近平、李克强、贺国强等在北京等地，同全国各族人民一起，为地震遇难同胞默哀。
全国人民代表大会常务委员会、国务院、中国人民政治协商会议、中央军事委员会负责人同时致哀。天安门、新华门和全国人大、国务院、全国政协、中央军委、最高人民法院、最高人民检察院及各驻外机构下半旗志哀。中国驻外使领馆、驻国际组织代表处，中资机构等举行悼念活动，全体人员默哀3分钟。中国的证券、期货交易所停止交易3分钟。哀悼日期间，奥运圣火传递活动暂停。
14时28分，北京防空警报拉晌。天安门广场上，数以万计的群众面对降下的国旗深低下头，金水桥上的人群肃立；长安街，汽车停驶，喇叭一齐鸣响。哀悼仪式结束后，广场上的群众依然不肯散去。人们振臂高呼“中国加油！”“中国万岁！”“四川挺住！”，震耳欲聋、发自心底的呼喊一浪高过一浪，响彻天际。人们在悲痛中落泪，在哽咽中呼喊，声音都无比坚定。
14时28分，中华大地，大江南北，长城内外，国旗低垂，汽车、火车、舰船笛声长鸣，防空警报在城市上空鸣响，全国各族人民停下手中的工作和活动，齐身肃立，低首默哀，共同表达对地震遇难同胞的沉痛悼念，对遇难同胞家属和受灾群众表示最大的抚慰。
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