二、理解与适用
（一）起草原则
本规定的起草严格遵循了以下基本原则：
一 是依法解释原则。全国人大常委会的《决定》授权最高人民法院对兵团法院案件管辖问题“依照法律予以规定”，这一方面体现了我国法律统一的原则，另一方面承认了兵团法院案件管辖与普通地方人民法院案件管辖的不同之处。如果两者完全相同，则无需授权最高人民法院另行作出规定，而可以直接依据有关诉讼法的条款确定兵团法院的管辖。因此，从全国人大常委会的《决定》精神来看，全国人大常委会实际上是允许最高人民法院在法律的原则之下，根据兵团法院的特点确定兵团法院的管辖范围等问题。
二 是充分考虑新疆生产建设兵团的政治地位。新疆生产建设兵团是一个党政军企合一的特殊组织，自行管理内部的司法、行政事务。从新疆生产建设兵团的建立、撤销、恢复、发展历程可以看出，它在确保新疆稳定、维护国家统一、促进民族团结、发展边疆经济等方面，发挥着不可替代的作用。全国人大常委会的《决定》确立了新疆生产建设兵团法院和检察院的法律地位，就是体现兵团重要政治地位的一个重要措施。因此，在确定兵团法院的案件管辖问题时，这一点是不可忽视的。
三 是从新疆生产建设兵团实际情况出发。新疆生产建设兵团是建立在新疆维吾尔自治区地域范围内的一个特殊组织，没有自己独立的行政区划，而只有兵团开发、使用的垦区、生活区、管理区、工作区等。兵团有其独立的组织体系，相应的管理制度也比较成熟。同时，兵团的法院体制比较特别，法官任免有其特别之处，案件数量不多，但法官队伍力量较强，法律素质和综合素质也比较高。这些因素都是在确定兵团法院管辖时的重要参考。
（二）确定兵团法院案件管辖权的基本标准
兵团法院案件管辖权的确定是诉讼法上的问题，但同时涉及法院组织的内容。本规定在确定管辖权时把握了以下基本标准：
一 是兵团法院与地方法院在案件管辖权方面的“同等待遇”。根据全国人大常委会的《决定》，兵团中级法院和基层法院的地位视同为地方的中级法院和基层法院。这种认同并不仅仅是审级方面的认同，而且是法律地位、管辖权限、法律适用等多方面的认同。按照这一标准，本规定第一条第一款明确规定：“兵团基层人民法院和中级人民法院分别行使地方基层人民法院和中级人民法院的案件管辖权。”这一规定从另一方面来说，也印证了全国人大常委会的《决定》中将兵团法院作为地方法院而不是专门法院、“部门法院”的地位。
二 是兵团法院管辖“兵团范围内的”案件。最高人民法院的“9号通知”中曾使用了“兵团范围内”这一标准。这一标准虽然有含混之处，但考虑到各界已经对这一标准基本认同，只是其中的某些个别内容需要明确，所以本规定仍然使用了这一基本标准。在本规定之前，就民事案件而言，对于“兵团范围内”的理解一般只包括双方当事人均为兵团单位或个人的案件，而一方是兵团单位或个人的情况未包含在内。本规定在此基础上有所发展，在对后一种情况加以条件限制之后，也纳入“兵团范围内”的概念之内。
三 是以法院组织中的分院制度为基础确定兵团分院的管辖。新疆维吾尔自治区高级人民法院生产建设兵团分院是新疆高院的组成部分，属于分院与本院之间的关系。两者之间并非相互独立，而是一体化的。也就是说，在新疆只有一个高级人民法院，即新疆维吾尔自治区高级人民法院，而兵团分院是该高院的组成部分。根据这种基本关系，兵团分院的案件管辖则有一定特殊性。在本规定中，无论是管辖争议的解决，死刑案件的管辖，还是兵团分院一审案件的上诉，兵团分院再审案件的再审，都体现了这一标准。特别是在表述兵团分院的管辖范围时，本规定使用了“原应当由高级人民法院管辖的兵团范围内的第一审案件、上诉案件和其他案件，其判决和裁定是新疆维吾尔高级人民法院的判决和裁定”的表述，使两者关系更为明确。
（三）兵团法院对刑事案件的管辖权
兵团法院的刑事管辖权在过去的实践中曾发生过一些争议，主要是属于兵团的单位或个人不在兵团范围内而是在兵团范围外犯罪由地方法院管辖还是由兵团法院管辖问题。我国《刑事诉讼法》确立了“犯罪地”作为确定法院管辖的基本标准，但由于兵团法院并不存在诉讼法中所说的“地域管辖”范围，这就给确定兵团法院对刑事案件的管辖增加了一定困难。
本规定并没有完全按照地域管辖的思路确定兵团法院的刑事管辖权，而是采取了一种比较技术化的划分方法，即兵团法院管辖“兵团人民检察院提起公诉的第一审刑事案件”。由于兵团人民检察院在确定自己的管辖权范围时依法应当根据《刑事诉讼法》的有关规定对刑事案件是否归自己管辖先行作出判断和筛选，人民法院作为刑事案件的“最后一道工序”只负责案件的审判。这样既简化了问题，又保证了管辖的正确性。当然，人民法院在案件审理过程中发现该公诉案件确实不属于兵团法院管辖时，也可以通过《刑事诉讼法》规定的程序来解决。对于地方人民检察院起诉到兵团法院的案件，兵团法院不应受理，但新疆高院指定管辖的案件除外。
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