方、顾二氏之后，乾嘉时期出现了两个主要的校勘流派：一派以卢文弨、顾广圻为代表，注重版本依据和异文比较，强调保存古籍原貌，主张说明异文正误而不作更改；另一派以戴震、段玉裁、王念孙、王引之、俞樾为代表，强调在广搜异文的基础上，根据古书体例和义理，运用文字、音韵、训诂、版本等有关学识，考证异文，分析正误，明确主张刊误订正。在校勘学史上，前者称为“对校学派”，后者称作“理校学派”。
卢文弨精通版本和小学，不仅仿照《经典释文》之体例而撰著《群书拾补》，约取群书讹误脱漏之严重者，摘抄字句，加注校语，而且在其《抱经堂文集》中，对致误规律、校勘方法与校勘原则都有所总结。他强调“校书与自著书不同”，提出“相形而不相掩”的校勘原则和校异同、正误、考异三种校勘体例，指出异体与通俗字不属异文，不当列入校勘范围，力求恢复古书行文、款式及篇第之原貌。
顾广圻是精通版本、目录的校勘名家。他广交当时著名的藏书家，亲见版本甚富，因而能够考察版本之源流和系统，较其得失，兼采众长，因而创获尤多。他在《思适斋集》中指出：“校雠之弊有二：一则性庸识暗，强预此事……一则才高意广，易言此事……二者殊途，至于诬古人，惑来者，同归而已矣，”他痛感书籍之讹，由于轻改妄改，因而奉行“不校校之”的原则，即校勘时保存原书误文，不轻改字，或综其所正定者为考异，如《骆宾王文集考异》，或附校勘记于书后，如《韩非子识误》。
戴震是清代考据学派的集大成者。他以毕生精力校勘《水经注》，即从归纳原书体例人手。他治学必追根求原，指出一字之义“当贯群经，本六书，然后为定”。这不仅是训诂的基本原则，也是校勘古籍的理性依据。他以切身体会全面地概述了研究和整理古籍所必须具备的学识，包括文字、音韵、训诂、名物、典制、天文、地理等诸多方面。这都是为获取“巨细必究，本末兼察”的“十分之见”寻求理论根据。
段玉裁是戴氏弟子，擅长小学，在文字、音韵、训诂和校勘诸方面皆有专精深入的研究。于古人著述，他往往考察通例，总结规律，用以指导古籍整理。《周礼汉读考》就是他的一部总结汉人注音、释义、校勘体例的专著。
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