《医易同源》以《黄帝内经》运气七篇为基础，并结合其他相关内容，试图以五运六气作为切入点来揭开中医学神秘之面纱，探求中医学产生之根源，还中医学本来之面目。
    一、《医易同源》的前半部分，主要分析和研究的内容有：中医与易经的关系；五运六气的推算方法；四季变化与伤寒、温病、脾胃的关系；药物药性的判断及药物治疗的基本原理；“运、气”与药物药性的关系；中医治病的基本原则与组方原则；以及关于对中医的发展和中西医相结合的思考。二、本书的后半部分别是：根据《黄帝内经》中关于“运气”的运行规律推演出的六十年（一甲子）五运与六气的变化情况；年运与六气的变化对气候的影响：气候的变化与疾病产生的关系以及治疗原则等内容。

第一章 中医漫谈
一、天地运行法则与中医起源
二、天文、地理与人事
三、中医生理病理与心理之关系
四、中医营养养生与治疗之关系
五、中医与西医之异同

第二章 医易同源
第一节 易经与黄帝内经
一、易经、河图洛书以及大衍之数
二、干支与二十四节气的关系
三、二十四节气与七十二候的意义
四、二十八宿
五、一日可分为四时
六、手足与日月、阴阳的关系
七、四季与血脉经络的关系
八、四季与脉象
第二节 太乙游宫与八卦
一、太乙游宫与八卦
二、先天八卦与后天八卦
三、八风致病
四、四时八风与人体
五、释疑解答
第三节 天干与五运
一、天干与万物的关系
二、天干与五运
三、主运与客运
四、运气的变化
五、五音建运
六、五运与四时的关系
七、五运之气郁
八、五运太过、不及的治疗示范
第四节 地支与六气
一、地支与万物的关系
二、六气的推求
三、六气的位置及主治
四、六气的运行
五、六气的有余与不足
六、胜复之气
七、邪气
第五节 司天与在泉
一、地支与司天
二、司天在泉与间气
三、司天在泉之气的太过与不及
四、君火论
第六节 六气正常与反常变化
一、四时正常气化的一般情况
二、六气司化的一般规律
三、六气所化的一般规律
四、六气德化的一般规律
五、气化功德的一般规律
六、六气施政的一般规律
七、六气行令的一般规律
八、六气变化失常的一般规律
第七节 五运六气症候一览表
一、五运的症候
二、六气的症候
三、司天在泉的症候
四、胜复之气的症候
第八节 传变与死候
一、疾病的传变
二、死亡的征候
第九节 五运六气的运用
一、如何确立五运之间的关系
二、如何确立六气之间的关系
三、注意事项

第三章 四季与疾病
第一节 四季与伤寒
一、伤寒的病因、病机
二、寒邪之传变过程
三、六经病症
四、疾病的治疗与禁忌
五、伤寒用药之标准
第二节 四季与温病
一、温病与伤寒的区别
二、温病之传变
三、温病的病因病机
四、温病的病症
五、温病的治疗原则
第三节 四季与脾胃
一、脾胃论
二、脾胃与四季之关系
三、脾胃之病因病机
四、五行之应用
五、脾胃病的治疗

第四章 治疗原则
第一节 人与自然
第二节 治疗原则
一、五脏的治疗原则
二、标本的治疗原则
三、司天在泉致病的治疗原则
四、五运六气致病的治疗原则
五、主客气相胜致病的治疗原则
六、胜气复气致病的治疗原则
七、五味胜五气
八、疾病在内在外的治疗原则
九、内脏与体表相互影响的治疗原则
第三节 用药法则
一、岁气与药性
二、药物的分类
三、制方原则
四、用药的基本原则
五、服药的法则
六、正治与反治
七、病瘥与胜毒

第五章 预防与针刺
第一节 疾病的预防
第二节 针刺原则
一、瘟疫的预防与治疗
二、司天政令失常的刺法
三、岁气升降不得的刺法
四、岁气不退位的刺法
五、太过不及的针刺法则
六、十二脏器神气之刺法
七、神志失其常位之刺法
八、针刺禁忌
第三节 诊病重点

第六章 李东垣用药珍珠囊
一、制方之法
二、用药凡例
三、五脏主治药象
四、各经引药
五、五脏补泻
六、脏腑泻火之药
七、五味所用
八、用药生熟例
九、用药身梢例
十、用药丸散例
十一、药象气味主治法度
十二、药象气味主治心法
十三、珍珠囊药味口诀
十四、主治法象随证治病
十五、随证制方用药口诀

第七章 治疗方药
证治方《三因极～病证方论》
风门
寒门
暑门
湿门
燥门
火门
风门
暑门
湿门
火门
燥门
寒门

第八章 五运六气六十年分述（2008年～2067年）
2008戊子年
2009己丑年
2010庚寅年
2011辛卯年
2012壬辰年
2013癸巳年
2014甲午年
2015乙未年
2016丙申年
2017丁酉年
2018戊戌年
2019己亥年
2020庚子年
2021辛丑年
2022壬寅年
2023癸卯年
2024甲辰年
2025乙巳年
2026丙午年
2027丁未年
2028戊申年
2029己酉年
2030庚戌年
2031辛亥年
2032壬子年
2033癸丑年
2034甲寅年
2035乙卯年
2036丙辰年
2037丁巳年
2038戊午年
2039己未年
2040庚申年
2041辛酉年
2042壬戌年
2043癸亥年
2044甲子年
2045乙丑年
2046丙寅年
2047丁卯年
2048戊辰年
2049己巳年
2050庚午年
2051辛未年
2052壬申年
2053癸酉年
2054甲戌年
2055乙亥年
2056丙子年
2057丁丑年
2058戊寅年
2059己卯年
2060庚辰年
2061辛巳年
2062壬午年
2063癸未年
2064甲申年
2065乙酉年
2066丙戌年
2067丁亥年
附
《四诊诀微·运气要略》
浅淡中国传统医学之异同