基督教由巴勒斯坦逐步向罗马的传播引起了罗马统治者的极大恐慌，为了巩固政权，罗马帝国皇帝尼禄从公元64年开始镇压基督教的传教士，疯狂迫害基督教徒，彼得被迫离开罗马。当他正启程时，遇上耶稣“显灵”阻止他离开。彼得顿时醒悟，于是继续留在罗马布道。
据记载，梵蒂冈城在公元64年发生了一场火灾，这场大火连续燃烧了9天，整个梵蒂冈城几乎被烧个精光。当时的皇帝尼禄不在梵蒂冈，当他回到梵蒂冈时，梵蒂冈城已成了一片灰烬。这位一贯雄心勃勃的皇帝，怀疑这场大火是对罗马帝国不满的天主教徒们放的，于是便将彼得抓住，并于这一年的10月13日，在大火最初燃烧的地方将彼得钉死在十字架上，其遗体被就地埋葬。据说彼得在处死前曾要求执刑的人将他倒过来钉在十字架上，并说他不配像耶稣那样被钉在十字架上。
随着基督教势力的不断扩大，到了君士坦丁时代，基督教的势力已大到不能消灭的程度，君士坦丁大帝只好宣告承认基督教的合法地位，并于324年在彼得的墓地建起了一座希腊神庙式的简易小教堂，以表示对彼得的纪念。教堂到349年初步建成，为世界上最早的教堂之一，被称为旧彼得教堂。教皇被教会认为是圣彼得的嫡传，因此这座教堂就成了天主教世界的最高教堂。君士坦丁的儿子孔斯继位后，为了进一步利用基督教的势力为帝国服务，将基督教确定为帝国的国教，为了表示对天主的崇敬，孔斯大兴土木，把原来简易的圣彼得教堂推倒，在原地建起了数倍于原规模的大教堂。自查理曼大帝以后，许多帝王和教皇都在圣彼得大教堂加冕。
为了巩固天主教和教皇的地位，遮掩异教神庙的遗址以及使在圣彼得大教堂之前修建的各基督教建筑黯然失色，教皇尼古拉五世又于1450年命令在原址修建更大的教堂。
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