1、俞樾收他为弟子完全是根据章太炎的学术潜力，而未顾及当年与章太炎父亲的关系而迁就精舍的入门门槛。
当章太炎投考诂经精舍的时候，主持诂经精舍讲席的，就是著名的经学大师俞樾。对于那些慕名求见的青年，俞樾总是要用繁难的考问来决定取舍。章太炎拜谒俞樾，虽然父亲章濬与俞樾是故旧，但几番申请，俞樾都不肯接纳。求知心切的章太炎，再三谒求老师。后来，俞樾出了两道考题，要章太炎解答。一道是关于《礼记》上周官人数的问题，一道是关于《孝经》上所说“先王”到底是谁的问题。这两道题对一般人来说，自然是非常古奥，就是对那些整天钻在古书堆里的人来说，也是十分偏僻的，俞樾当时蛮以为会难到章太炎，使他知难而退，但是那知他话音刚落，章太炎就引经据典，头头是道地作了圆满的回答。于是，俞樾才满心欢喜地把他收为正式弟子。由此可见，章太炎在进诂经精舍之前，已经具备了相当的国学基础，俞樾收他为弟子完全是根据章太炎的学术潜力，而未顾及当年与章太炎父亲的关系而迁就精舍的入门门槛。
2、章太炎的“谢本师”之谜
1898年，章太炎因参与维新被通缉，逃往日本占领下的台湾，任台北新新日报记者。对于出逃这件事，俞樾是耿耿于心的。后来章太炎剪辫子，发表一系列仇满言论，更是俞樾所不能容忍的。在俞樾看来，章太炎不走科举进身的老路可以原谅，到日本人统治下的台湾去却不能原谅，指名道姓地骂朝廷批皇上，更不能原谅；必须清理门户，予以惩罚。现在章太炎上门来了，俞樾就藉此怒斥道：“闻而游台湾，尔好隐，不事科举，好隐则为梁鸿、韩康可也。今入异域，背父母陵墓，不孝；讼言索虏之祸毒敷诸夏，与人书指斥乘舆，不忠。不孝不忠，非人类也，小子鸣鼓而攻之可也！”在这段责骂中，没有一个字涉及经学或学术，全是政治道德。史学界在论述此段史实时也都一致认为，章的“谢本师”纯是由于“政治立场不同”，与学术无关。
面对老师的责骂，章太炎一方面搬出清学太祖顾炎武，从经学角度进行辩驳，回敬道：“弟子以治经侍先生，而今之经学，渊源在顾炎武，顾公为此，不正是要使人们推寻国性，明白汉、虏分别的吗？”意思是说，他仇满反满是符合经学精神的。但这是一种引喻曲譬的论辩方式，与什么经学上的“反叛”不沾边。相反，章太炎所要辩白的要点之一，就是他没有背离经学的要义。另一方面写下《谢本师》一文，旗帜鲜明地表明自己的政治态度，并毫不客气地责问其师：“何恩于虏，而恳恳蔽遮其恶？”但此文当时并未发表，直到五年后的1906年11月才刊载于《民报》第9号。于此也可见章太炎当时的彷徨与痛苦。章太炎同老师俞樾脱离师生关系的事，不仅在当时的南方学界引起了一阵轰动，也标志着他在反清的道路上已大步前进，恩师的阻拦也无济于事了。
章太炎虽与师决绝，但内心对本师还是非常推崇。1907年2月5日，主持诂经精舍31年之久的俞樾去世，当时正在日本的章太炎写下了《俞先生传》，对谢师一事就避而不谈，老师的政治立场丝毫不影响他在章太炎心中的地位。章太炎晚年亲自凭吊俞樾故居，行三跪九叩大礼拜祭先师。谢本师，谢的只是师生之间不同的政治立场，而不是抛弃老师的学行、道器和师生之间的情谊。与师决绝，背叛的是师门，但实际上是与旧社会的彻底决裂。
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