主办方展区由长久手日本馆、日本广场、爱知县地区馆、名古屋地区馆“大地之塔”等展馆组成，强调日本所做出的贡献，向世界传播日本文化的魅力，向下一个世纪传扬日本的传统工艺和最尖端的技术。传统与现代之间是对立的统一，相互存在着密切关系。爱知世博会主题和日本展馆的设计材料、运用等，都反映了新时代的人类如何对待自然的新的理念，其最重要的意义在于“人对自然认识的回归”。其中，长久手日本馆、濑户日本馆精彩地演绎了爱知世博会主题“自然的睿智”，并传递了“人类爱地球”的理念。长久手、濑户场馆都追溯了日本的过去，但两个场馆在展示立意和内容上保持差异，遥遥相对又互为补充，使得二者如同历史长卷中的“前世”和“后事”，颇有意趣。日本国家馆——长久手日本馆长久手日本馆外型是一个巨大的蛋状椭圆，意喻一个生命的蚕茧。蛋状外壳长90米，宽70米，高19米，采用自然竹子为材料，手工编成竹笼状，充分体现了节约、再利用、再循环（REDUCE，REUSE AND RECYCLE）的“3R”理念。展馆共8029.4平方米，每小时接待1200人次，参观时间50分钟：主题是“拉近正在越来越远离的‘人与自然’的距离”。展览可以分为三个乐章：第一乐章，破碎的地球；第二乐章，过去的时光；第三乐章，宇宙的畅想。展馆主体展示是“人、科技和未来”，描写日本历史的现在和未来，强调人类与自然的关系。其中，地球房间是全世界首创的360~全天球型影像系统，能够从地球的内部眺望目前的地球全貌，体验从未有过的感动。馆周边绿化也以竹子密植，整体环境协调统一。展厅南侧外墙上垂直种植矮竹，形成一道绿色的生物外墙。北部外墙使用以淀粉和废弃食物为原料的生物分解性塑料。
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