在遵循非歧视原则、市场开放原则、公平原则和提高透明度原则的基础上，为了维护环境和人类的身体健康，任何国家都有权采取关税和非关税措施控制甚至禁止污染环境的产品进出口。此外，该理论将环境成本的内部化作为理论依据之一。认为任何产品都应将环境和资源费用计入成本，使生态环境资源化与环境成本内部化，其计算标准应为国际标准。
由于绿色贸易保护主义的借口是对生态环境和人类健康的关注，并不是出于经济因素的目的，这使得作为绿色贸易保护主义表现形式的绿色壁垒、绿色关税和绿色补贴披上了一层“环境保护”的外衣，掩盖了其贸易保护的真正动机。但事实上，绿色贸易保护主义的政策措施除了达到保护环境与人类健康这一目的之外，保护进口国国内产业仍然是其主要诱因。因此，绿色贸易保护主义是新贸易保护主义与环境保护运动相结合的结果，是贸易保护主义在新经济状态下的产物。与以往贸易保护主义相比，绿色贸易保护主义有三大特点：（1）以往的贸易保护多由经济上相对落后的国家提出，保护的是相对幼弱的产业，而绿色贸易保护主义兴起于发达国家，保护的是技术优势与垄断优势；（2）过去多以关税和传统非关税措施（配额、许可证等）为主，动机一目了然，效果清晰可见，而绿色贸易保护却以非贸易关注为掩护，掩盖了贸易保护的真正动机，具有一定的隐蔽性（宣亚南，2002）；（3）绿色贸易保护主义具有一定的歧视性，某些非关税措施是针对特定国家的。绿色贸易保护主义一方面通过各种歧视性非关税措施使国内产业避开国际竞争，另一方面又通过补贴手段促使本国产品占领市场。
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