第一，清代不健全的财政收支制度使收入在面对非常支出时难以招架。清朝入关统治初期，便确立了一条刚性的收支原则：“国家出入有经，用度有制。”这里的“经制”是指国家财政收支均有固定的范围与数额，一般不得逾越。具体规定是：岁入主要包括田赋、盐课、关税、杂赋等四项，岁出分为皇室经费、兵饷、官俸等项。这一原则的缺陷是弹性不足，财政收入带有明显的定项、定额特点，财政支出则未将战时军费、社会救济等重要项目包含在内，相对固定的收入难以应付特殊情况下的非常开支。清前期，非常支出主要是军费，其所造成的财政缺口通过暂开捐例、加征临时性捐税得以填补。到了晚清，非常支出项目不断增多，除战时军需外，赔款、外债支出数额均十分庞大。这些巨额开支事先并未列入预算，因此当其突然出现时，清政府只能通过加税增捐、开征厘金、举借公债等手段来弥补经常性收入的不足，以期平衡收支。然而支易收难，财政支出的扩张速度远远超过了收入增加的速度，清政府不健全的收支制度最终使其陷入财政赤字的泥潭。
第二，农业经济的落后和农民生活的贫困也是财政收支失衡的重要原因。在清代，农业生产是国家财政收入的基础，农民是税负的最终落脚点，即税收归宿，农业生产状况的好坏和农民生活水平的高低对国家财政收入有着决定性影响，从而对收支关系起了间接的制约作用。清前期，摊丁人亩、蠲免钱粮等赋税政策的实施使农业经济逐渐恢复，农民生活有所改善。因此，尽管此时出现了军费等非常支出，但田赋的自然增长及捐纳等临时性收入的征取最终缓和了人不敷出的紧张。到了晚清，由于西方国家的经济侵略、清政府的赋税压榨及自然灾害的严重破坏，农业经济凋敝不堪。
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