长期以来不同的试验表明，有规律地增加土壤有机质是保持或增加土壤中有机碳的唯一方法。几十年来，有计划地开发和应用有机肥技术已成为有机农业的研究范畴，并且目前已经取得了显著成效。技术研发的主要课题是优化有机肥的数量和质量。作物生产、牲畜管理以及有机废物的系统循环之间的紧密结合是基本因素。提高有机废物的处理技术水平可以获得高质量的肥料。在腐殖化加工过程中，合成动物和植物残体使废弃物尽可能地减少，获得更高含量的固体腐殖质。
有机农业的另一特征是长期而又多样化的谷物与豆类作物轮作制度，这有助于增加土壤中的有机碳。在传统农业当中，人们将保护性耕作方式作为螯合二氧化碳的方式。这一技术将少耕法与有机覆盖、除草剂以及残留除草剂的转基因（GMO）作物结合，而后两者在有机农业中是被禁止使用的。最新的研究结果显示，土壤中的有机碳已经超出预期，并且部分或全部被增加的二氧化碳释放。因此，可以得出结论，如果把注意力集中于一般化的温室气体，而不仅仅是考虑螯合碳，那么化学肥料的施用远不如有机肥。有机农业的任务将是与保护性耕作方式相结合来避免负效应的。
农地森林（一种在农地中间种树木的管理体系）是系统应用有机农业的又一项技术。这种方法既能转换耕作系统，又能够提高和增加贫瘠土地生产力。农地森林对螯合热带国家农业中产生的碳最为有效。值得注意的是，对碳进行螯合是值得考虑的，比如增加土壤有机物质还会使土壤更具肥力，使土壤具有更好的水土保持力并增加土壤中的营养成分。
作为保护气候的策略，以上提到的措施是值得推荐的几种实践。任何一种类型的农业都可以使用它们，但是有机农业更独特，因为它提供了一种在一个农业体系中系统地采用这些措施的方法。这一策略包含了一些强制性的标准，使其在保护气候方面具有优越性。它还包含了一个较好的监管和认证机制，保证了规则和标准的一致。系统严密性使有机农业更具有价值并有利于技术创新。
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