《名医别录》成于东汉末至两晋间（约公元3世纪），或有部分更早的资料，故非一人一代的著作，作者不详。全书3卷，载药至少730种，为综合性本草著作。该书除从药品数目和内容方面进一步充实了《本经》外，还增加了较多药物别名、药物产地的具体郡县名称、采集时月及加工方式，这些内容填补了《本经》的空白，被后世视为仅次于《本经》的早期药学经典而受到重视。
《本草经集注》为梁代陶弘景所著，成于公元500年前后，以《本经》365种药物为基础，补入《名医别录》365种副品，加上著者的注释而编写而成，共载药物730种。该书首次将药物按自然属性分为7类，即玉石、草、木、虫兽、果菜、米食、有名无用7类，这种分类方法在我国古代药学史上具有深远的影响，为后世中药自然属性分类的主要依据。陶氏除了对《神农本草经》中有关药物炮制、度量衡、剂型等进行了考订修正以外，还纠正了部分药物的紊乱现象，表明当时对中药的认识已经较为深入。
除了对中药品种和分类有了深入认识之外，这一阶段对药物炮制技术的认识也非常系统，这一点从《雷公炮炙论》（南朝刘宋时代，420～479年）可以体现出来。《雷公炮炙论》是一部全面介绍当时炮制方法的药学著作，介绍了各种炮制方法，如：①净选：计有净拣、去甲土或上粗皮、去节并沫、揩、拭、刷、刮、削、剥等；②粉碎切制：计有切、挫、擘、搥、舂、捣、碾、杵、研、磨、水飞等；③干燥：计有拭干、阴干、风干、晒干、焙干、炙干、蒸干等；④水火制：计有浸、煮、煎、炼、炒、熬、炙、焙、炮、煅等；⑤加辅料制：计有苦酒浸、蜜涂炙、同糯米炒、酥炒、麻油煮、糯泔浸、加各种草药制等。其中很多方法至今都仍在使用，标志着当时中药炮制学已成为中药学中的一门分支学科。
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