亚洲和亲会《约章》提出了“反抗帝国主义”的口号，但在内容上夹杂着浓厚的宗教色彩。这种以“宗教发起信心，增进国民的道德”，正是章太炎思想的一个重要环节。他认为佛教大乘的华严、法相二宗宣扬的“无我”、“舍身”、“无惧”，可以用十增进国民的道德，于是他借用佛教的语言来宣传革命。他说：“国王暴虐，菩萨有权，应当废黜。”杀了一人，解放众人，就是菩萨行。“”佛教最重平等，“那么”满洲政府待我汉人种种不平，岂小应该攘逐？“照佛教说，逐满复汉，正是份内之事。”“章太炎本人是执行革命道德的典范。他七次被追捕，三入牢狱，而矢志不渝。在日小流亡时，“寓庐至数月不举火，日以百钱麦饼以自度，衣被三年不浣，困厄如此，而德操弥历”。确有一种革命殉道者的精神。
章太炎在日本流亡期间面从事革命宣传，一面从事中国传统文化的研究和教学，鲁迅称他是“有学问的革命家”。他认为革命者必须从祖国文化宝库中汲取一切民族主义的养料。他本人就是这样，一边革命，边从事学术研究。他”在近代中固学术史上，是自成宗派的巨人“。他还培养了许多人才。
在流亡异国的岁月里，他时捌深深思念着祖国。1911年10月，武昌起义成功，他欣喜欲狂地同到祖国。
他一到上海，看到革命党内外围绕权力和利益发生了激烈的冲突，于是提出”革命军起，革命党消“，热切希望各个党派团体在革命军政府的旗号下联合起来，以天下为公，取消派系斗争。他本人和立完派张謇、旧官僚程德全联合起来成立了“中华民国联合会”，以后又改为“统一党”。
南京临时政府建立，孙中山任临时大总统，章太炎在许多问题上与孙中山发生过矛盾，但孙中山还是聘章太炎为总统顾问。后因陶成章被暗杀，章太炎没有赴任。袁世凯乘机拉拢他当“高等顾问”，以后又委以“东三省筹边使”，把他调出京城，而章太炎抱着兴办实业的热情上了东北。
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