首先，他具有“为往圣继绝学，为万世开太平”的强烈使命感和道德忧患意识。他泰和讲学首先讲的就是张载的“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”这四句教，并希望听课诸生依此立志，做一个堂堂正正的人。后来在《复性书院缘起叙》一文中，他更明确表示要以“继绝学，广教化”为自己的一生使命。从而使“洙泗之业晦而复明，伊洛之绪绝而复续”。可以说他为实现自己的一生使命而贡献出了毕生精力。其次，他以儒家文化为中国文化之正统和代表，认为儒家六艺是孔子之教，为中国文化的根本，其他诸学都不过是儒家六艺的支流而已。故此，他主张重新楷定国学名义，以儒家六艺来代替国学。在儒家文化中他又特别服膺宋明新儒学，他讲“六艺论”，讲“义理名相论”，依据的就是宋明新儒学的思想原则。
第三，他提出以儒家六艺赅摄一切学术，其中也包括西来学术，所谓“赅摄”，也就是包含摄取、融会的意思，因此，以儒家六艺赅摄西来学术，不过是现代新儒家，“援西学入儒”，“儒化、华化西洋文化”的主张的不同表述而已。就实质而言，马一浮与梁漱溟等人一样，文化取向上也是一位儒家文化本位论者。
第四，他也反对用所谓科学方法整理和研究中国传统文化，尤其是儒学，认为科学方法大致由于经验推想观察事相而加以分析，虽其浅深广狭所就各有短长，但同为比量而知则一，或因苦思力索如鼷鼠之食郊牛，或则影响揣摩如猿狙之求水月。所以尽管科学方法较胜理论组织饶有思致可观，然它只能重建传统文化之外观，而无法理解深藏于其中的精神道德意义，“以视中土圣人始条理，终条理之事，虽霄壤未足以为喻”。（《尔雅台答问》一卷）故此，当一位姓张的求学者给他去信，表示“欲建立大同文化系统，用科学方法研究儒学”，马一浮即在回信中明确表示反对。
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