进行重点稽查，以堵塞和防止增值税纳税中的偷、漏、骗税行为，使增值税管理工作逐步进人科学化、规范化的轨道，达到对规模庞大的增值税专用发票的有效管理，最大限度地减少税款流失。
2000年8月31日，国务院批准了金税工程二期的建设方案。2001年7月1日，增值税防伪税控发票开票、防伪税控认证、增值税交叉稽核、发票协查信息管理四个子系统在全国全面开通，总体运行情况良好。对加强增值税专用发票管理，打击偷、骗税犯罪行为，增加税收收入等方面起到积极有效的作用。
第一，金税工程建成了全国增值税发票监控网，对全国百万元、十万元和部分万元版专用发票进行监管。这些增值税发票占全部增值税发票数量的46％。全国目前已有40万户增值税一般纳税人配备防伪税控开票子系统，这些企业缴纳的增值税约占全国增值税总量的60％以上。百万元版、十万元版专用发票已取消手工开具，改用该系统开具。通过网络，税务机关可以有效监控企业和税务机关内部增值税发票的使用和管理，企业已不能够利用假票骗抵税款，不能够隐瞒销售收入（指开具增值税发票部分），基本上杜绝假票和大头小尾票等骗取抵扣问题，确保了增值税链条的完整。同时，也促使企业将销售额如实申报。全国范围内专用发票的交叉稽核和协查，提高了稽查质量，极大地打击和威慑了利用专用发票偷、逃、骗税的不法行为。
第二，认证子系统已部分发挥作用。全国区县级国税局已配备低档认证子系统，对百万元和十万元版专用发票全部进行认证。据统计，目前各地通过该系统发现的假票或不能通过认证的专用发票税款为2亿多元。虚开增值税专用发票的犯罪案件数量和涉案金额近期已呈明显下降趋势。犯罪分子已很难用一张专用发票骗取1.7万元以上的税款。可以说，系统的运用已初见成效。
第三，计算机稽核系统软件和发票协查软件在北京等9省市已投入运行，经过四个月的运行，数据采集率已经达到99.6％。
第四，国税系统的网络建设已经覆盖了全国区县以上国税机关，形成了总局、省局、地市局、区县局的四级广域网，成为国税系统的网络通信支撑平台。在进行网络建设的同时，税务系统在各种硬件配备上也有了一定规模。已经实现计算机管理的基层征收单位2.2万多个，通过计算机管理的纳税户超过1000万，在税务系统信息化建设过程中形成了3万人左右的信息技术队伍，成为整个税务系统信息化建设的中坚力量。
金税工程现存的主要问题是采集的信息局限于发票，无法真正实现税控的目的。需要将系统功能拓展到一般纳税人认定、发票发售、纳税评估等业务环节。因此，在现有金税工程二期四个子系统的基础上，建立一个业务覆盖全面、功能强大、监控有效、全国联网运行的税收信息管理系统势在必行。同时，为了提高执法力度和执法效率，必须加强税务部门与其他部门。
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