然而在一般概念上，“神”是指精神而言，故说：“志意和则精神专直”（《灵枢·本藏篇》）、“怵惕思虑则伤神”（《灵枢，本神》）。
同时，“神”还意味着生命体的功能主宰。《素问·五常政大论》所说的“根于中者命曰神机，神去则机息”，即指此而言。此外，《灵枢》又将正气称为“神”，所谓“神者正气也”（《九针十二原》）。
古人还认为，神，魂、魄、意、志等概念，都可以“神”字总之，它们分居于五脏，所以《素问·宣明五气》专论“五藏所藏”有“心藏神，肺藏魄、肝藏魂、脾藏意、肾藏志”之说，而这五脏又统称为“神藏”（《三部九候论》）。从“心藏神”可知，“神”与心的关系最为重要。《韩非子，内储说》称“君为神明”；《淮南子》说“或问神，曰：心”，“故心者形之主也，而神者心之宝也”（《精神训》）。因而，医家也有“心者君主之官也，神明出焉”（《素问·灵兰秘典论》），以及“心者，生之本，神之变也”（《六节藏象论》）的说法。这些论述，反映当时对脑的功能尚缺乏完整的认识。
神与精、气的关系是难以分割的，所以常有“精神”、“神气”之称。古代医家认识到“神”由精气所生，精气是产生神的物质基础。《灵枢·天年》说：“黄帝曰：何者为神？歧伯曰：血气已和，荣卫已通，五藏已成，神气舍心，魂魄毕具，乃成为人。”《素问·六节藏象论》也谈到“神”的产生，以为“五味人口，藏于肠胃，味有所藏，以养五气，气和而生，津液相成，神乃自生，”分别从先、后天角度讨论了“神”的生成。除此以外，《内经》还有不少篇章论述了这一问题。如《素问，八正神明论》的“血气者，人之神，不可不谨养”，《生气通天论》的“阳气者，精则养神”，《灵枢·肠胃篇》的“血脉和则精神乃居，故神者，水谷之精气也”，《营卫生会》说，“血者，神气也”，以及《本神》的“肝藏血，血舍魂；脾藏营，营舍意；心藏脉，脉舍神；肺藏气，气舍魄；肾藏精，精舍志”，无不反映了“神”由精气所生的唯物主义观点。
上述内容，说明中医学关于气、精、神的学说，不但深受当时哲学思想的影响，而且也是这一思想在医学领域中的具体表达与深化。
后世的医家、养生家对气、精、神学说十分重视，他们的认识也有一定提高。晋代道成以精、气、神为人身之“三宝”，道家认为养生之道在于维护精、气、神，以达到“养气、积精、全神”，延长寿命的目的。医学家如金元时期的李东垣，他认为养生当以养气为本，持有“气乃神之祖，精乃气之子，气者精神之根蒂也。”（《脾胃论·省言箴》）的观点。又如张介宾，则认为“先天之气，气化为精；后天之气，精化为气，精之与气，本自互生。精气既足，神自王矣。虽神由精气而生，然所以统驭精气而为运用之主者，则又在吾心之神。三者合一，可言道矣”（《类经·摄生类》），其对先、后天精气互生之理，以及精、气、神三者的关系，作了精辟的论述。
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