（1）分子标记基因定位的策略
依据分子图谱的策略：建立分子标记图谱是基因定位的基础，通过基因与标记间的连锁关系可确定基因所在的染色体，然后选择基因所在染色体上的标记，逐步逼近，从而达到基因定位的目的。
区域定位策略：尽管通过分子图谱可以很方便地对目的基因进行连锁分析和定位，然而对于特定的育种目标来说，为了找到与目的基因连锁的分子标记而构建一张连锁图谱是不现实的，最近发展的区域定位策略（Regional Tagging Strategy）结合近等基因系法（NILs）和群分法（BSA），可利用大量随机的未定位的分子标记，筛选与目的基因紧密连锁的分子标记。
（2）分子标记基因定位的程序
①构建作图群体基因遗传作图的理论基础是染色体的交换与重组，为作图群体选择合适的亲本和适当的杂交组合类型，是成功和高效作图的关键。选择作图群体的亲本时，既要遗传差异性大，但又不能相差太大以致引起子代不育（Kochert 1991）。-一般而言，异交作物的多态性高，自交作物的多态性低。玉米的多态性极好，一般品种间配制的群体就可成为理想的作图群体（Helentijris，1986）。进行基因定位可以选择不同类型的作图群体，目前最常用的是F2和BCl群体、重组近交群体（RIL）、DH群体或由F2衍生的F3及后代家系（徐云碧等，1994）。
②鉴定与目的基因连锁的分子标记 利用近等基因系（NILS）可快速寻找到与目的基因共分离的分子标记，如Martin（1991）采用RAPD方法与NILs技术相结合，快速鉴定了与番茄茎腐病抗性基因Pto相连锁的RAPD标记，并定位于番茄的第5染色体上；当没有近等基因系可利用时，用分离群体分群分析方法（BSA）也可对目的基因进行快速定位。
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