该书系统介绍了分子标记技术在谷子中的发展历程及其在谷子遗传多样性研究、品种鉴定、遗传图谱构建、重要性状定位方面的应用，概述了谷子RFLP、AFLP、SSR、SNP等分子标记开发原理、操作步骤、技术特点以及基于SNP标记的单倍型分析方法在揭示谷子基因潜在功能的应用实例，总结了近30年分子标记技术在谷子研究中获得的主要成果与进展；探讨了分子标记应用于谷子辅助选择育种实践存在的问题以及制约SNP广泛应用的基因分型技术发展现状。对于从事谷子遗传育种相关研究的科研人员，该书有助于系统地了解谷子分子标记开发与应用研究现状，了解最新进展与发展方向，同时该书也可为高等院校从事谷子分子标记研究的本科生、研究生提供理论与技术指导。

第一章 谷子RFLP、RAPD及AFLP标记开发
第一节 谷子RFLP标记开发概述
一、RFLP标记概念及原理
二、RFLP标记的特点
三、谷子RFLP标记的开发
第二节 谷子RAPD标记开发概述
一、RAPD标记概念及原理
二、RAPD标记的特点
三、谷子RAPD标记的开发
第三节 谷子AFLP标记开发概述
一、AFLP标记概念及原理
二、AFLP标记的特点
三、谷子AFLP标记的开发
第二章 谷子SSR标记开发
第一节 SSR标记概念及特点
一、SSR标记概念及原理
二、SSR标记的特点
第二节 SSR标记的开发技术
一、文库筛选法
二、省略筛库法
三、单引物延伸法
四、选择杂交富集法
五、生物信息学开发法
第三节 谷子SSR标记的开发
一、省略筛库法
二、选择杂交富集法
三、生物信息学开发法
第三章 谷子SNP、InDel、CAPS标记开发
第一节 SNP、InDel、CAPS标记概述
一、SNP、InDel、CAPS标记的概念及原理
二、SNP、InDel、CAPS标记的特点
第二节 谷子SNP、InDel、CAPS标记的开发
一、基于全基因组测序技术开发SNP、InDel标记
二、功能基因内及上游调控区SNP、InDel标记的开发
三、谷子CAPS标记的开发
第四章 谷子分子标记的应用
第一节 谷子遗传多样性研究
一、RAPD、AFLP标记在谷子遗传多样性研究的应用
二、SSR标记在谷子遗传多样性研究的应用
第二节 谷子品种鉴定
一、RFLP、RAPD标记在谷子品种鉴定中的应用
二、SSR标记在谷子品种鉴定中的应用
第三节 谷子比较基因组研究
一、比较基因组研究揭示谷子与其他作物基因组进化关系
二、比较基因组研究揭示谷子关键代谢途径及调控基因
第四节 谷子遗传图谱的构建及QTL定位
一、谷子分子遗传图谱的构建
二、基于SSR标记遗传作图定位谷子QTL位点
三、基于SNP标记遗传作图定位谷子QTL位点
四、谷子相关基因的精细定位、图位克隆
第五节 基于全基因组关联分析鉴定谷子QTL位点
一、基于SSR标记的全基因组关联分析定位谷子QTL位点
二、基于SNP标记的全基因组关联分析定位谷子QTL位点
第六节 谷子主要性状控制基因连锁标记的鉴定
一、谷子抗性、育性基因连锁标记鉴定研究
二、谷子重要性状连锁标记相关专利技术介绍
第七节 基于SNP标记单倍型分析研究基因表型效应
一、单倍型的概念
二、单倍型分析特点
三、表达分析结合单倍型分析揭示谷子SiCCT基因光温响应特性及表型效应
四、表达分析结合单倍型分析揭示谷子伪应答调控蛋白（PRR）基因光温响应特性及表型效应
五、表达分析结合单倍型分析揭示谷子光敏色素基因光周期、非生物胁迫响应特性及表型效应
第五章 谷子分子标记研究展望
第一节 谷子分子标记研究存在的问题
一、分子标记与传统育种结合不够紧密
二、分子标记分型技术需要进一步发展
第二节 谷子分子标记研究的一点建议
参考文献
附录 SiPRR73基因的6个可变剪接体序列