《笔花医镜》从诊法、五脏六腑、儿科、女科四方面论述疾病的证治，尤其是将脏腑用药分为补泻猛将，次将，十分方便临床医生辨证选药治疗。全书内容浅显，论述简要，切合临床，是一部流传甚广，颇有影响的医学入门读物。对当今中医也有较大的参考价值。《笔花医镜》使中医理论与临床实践紧密结合，并在每一病症之后附有汤头歌诀，便于读者临床使用。

卷一
诊脉歌
望舌色
望闻问切论
表里虚实寒热辨
内伤外感杂治说
伤寒论治
虚劳论治
疫痢疟肿论治
首卷列方
卷二
脏腑证治
心部
心部药队
心部列方
肝部
肝部药队
肝部列方
脾部
脾部药队
脾部列方
肺部
肺部药队
肺部列方
肾部
肾部药队
肾部列方
胃部
胃部药队
胃部列方
膀胱部
膀胱部药队
膀胱部列方
胆部
胆部药队
胆部列方
大肠部
大肠部药队
大肠部列方
小肠部
小肠部药队
小肠部列方
三焦部
三焦部药队
心包络部
卷三
儿科证治
儿科论治
初生保治
外热内热辨
非惊论
痰火闭症
木侮土证
大惊猝恐
夜啼
吐泻
伤暑
食积痞积虫积痰积
水积
疳症
盗汗自汗
咳嗽
解颅龟胸龟背
儿科列方
卷四
妇人证论
室女
月经
肝气
带下
嗣孕
胎前诸症
临产将护法
产后诸症
妇人科列方