《日本哲学资料选编（上下册）》是在教育部2003年至2007年人文社会科学重点研究基地重大项目结项的基础上修订完成的。全书分为上下册，共四编。上册包括第一编古代和第二编德川时代，选录了日本这个时期的重要文献和重要哲学家、思想家的论著；下册包括第三编明治时代和第四编大正时代与昭和时代前期（第二次世界大战结束前），编选、翻译了这段时期日本有代表性哲学思想家的重要著作，其中有相当多的译文没有发表过，甚至迄今没有中文译本。该“选编”在每篇资料前加“资料简介”，说明所选资料的作者、时代背景、内容、意义及所依版本等；资料内加简略注释，以便阅读。

前言
上册
第一编 古代
一、古事记
二、日本书纪（选录）
三、圣德太子
四、最澄
五、空海
六、源信
七、*法然
八、荣西
九、道元
十、亲鸾
十一、日莲
十二、一遍
十三、北畠亲房
十四、虎关师练
十五、中岩圆月
十六、一条兼良
第二编 德川时代
十七、藤原惺窝
十八、林罗山
十九、山崎暗斋
二十、安东省庵
二十一、贝原益轩
二十二、新井白石
二十三、室鸠巢
二十四、雨森芳洲
二十五、富永仲基
二十六、中井履轩
二十七、伊藤仁斋
二十八、伊藤东涯
二十九、荻生徂徕
三十、山县周南
三十一、太宰春台
三十二、中江藤树
三十三、*熊泽蕃山
三十四、佐藤一斋
三十五、大盐中斋
三十六、吉田松阴
三十七、安藤昌益
三十八、三浦梅园
三十九、山片蟠桃
四十、*本居宣长
下册
第三编 明治时代
一、西周
二、福泽谕吉
三、西村茂树
四、加藤弘之
五、涩泽荣一
六、中江兆民
七、村上专精
八、井上哲次郎
九、井上圆了
十、冈仓天心
十一、森鸥外
十二、大西祝
十三、夏目漱石
十四、北村透谷
十五、幸德秋水
第四编 大正时代、昭和前期
十六、内藤湖南
十七、西田几多郎
十八、津田左右吉
十九、波多野精一
二十、深田康算
二十一、河上肇
二十二、左右田喜一郎
二十三、阿部次郎
二十四、九鬼周造
二十五、和辻哲郎
二十六、三木清
二十七、户坂润