第一部分结构确定
第一章单晶结构测定
1.1 引言
很多晶体材料具有平移对称性,这意味着可以从小体积(晶胞)中的几个原子的位置获得整个晶体的原子位置,这些原子在三维空间周期性重复排列。因此,晶体结构被平移对称性(由六个晶胞参数给出)及晶胞内的原子位置完整表征出来[图1.1(a)][1]。结构测定的目的是通过衍射实验获得晶胞中的原子位置和晶胞参数。
X射线与物质作用产生散射[图1.1(b)]。平移对称性的一个结果就是散射只能在散射角为的k方向上产生,且必须遵循布拉格方程。此外,晶体相对入射和散射X射线方向处于特定的取向上才产生布拉格反射。这两种特性都与晶胞参数有关,而不同的布拉格反射线可以用唯一的三整数指数加以区分。反之,有足够多的布拉格反射线,知道了晶体取向及衍射束的方向,就可以确定晶胞参数和每条布拉格反射线的指数。
衍射束的振幅和相位是每条布拉格反射线的第二个独*属性。它们的值取决于晶体的晶胞结构和布拉格反射指数。当已知布拉格反射的振幅和相位时,就可以通过简单的傅里叶变换(1.2节)计算并确定晶体中原子的位置。
衍射实验提供了每条布拉格反射线对应的单晶取向以及衍射束的方向、强度。这些信息足以用于计算晶体的晶胞参数和布拉格反射的指数,但是由傅里叶变换并不能得到晶体的结构。原因是X射线束的强度与该电磁波振幅的平方成正比,但不包含有关相位的信息。这是晶体学上的相角问题。结构解析方法的目的在于通过布拉格反射强度测量,找到晶体结构。解析晶体结构意味着解决相角问题,因为可以通过结构模型计算布拉格衍射相角,如果布拉格衍射的振幅和相角都知道的话,就可以通过对布拉格衍射的傅里叶变换获得结构模型。
结构解析方法取决于物质的几个基本属性,这将在1.3节中介绍。此外,本章中讨论的结构解析方法需要足够数量的、有一定衍射强度的布拉格反射,可以通过如单晶X射线衍射方法测量它们。另外,微晶粉末产生的衍射强度是散射角的函数。散射角相同或几乎相同的不同布拉格反射线不能被分辨开,导致粉末衍射谱中至少有一部分布拉格反射线的强度无法获得。晶体结构的解析方法一直在不断发展,尤其是粉末衍射,这部分将在第2章中讨论。
另一个影响获得各条布拉格反射线对应强度的问题是孪晶。孪晶的布拉格反射可能表现为两条或更多不同反射线的叠加。为了谨慎起见,本章中讨论的结构解析方法不适用于此类衍射数据。然而,它们通常可以给出正确的解(如用于非中心对称晶体的反转孪晶)或可以导出某种平均结构,这样为构建真实结构模型提供了必要的线索。但是,孪晶也可能妨碍结构解析。本章不讨论与孪晶有关的特殊问题和解决方案。
除晶体结构外,布拉格反射强度还取决于一系列其他因素,如衍射实验的几何光路、射线的偏振及样品对X射线的吸收。考虑到这些效应,不同的反射可能需要不同的校正因子,这些反射可以在晶体结构未知的情况下进行计算。可以理解,通过这些校正因子的应用,能够从实际测得的强度获得。其他相关的细节是入射束强度、晶体体积及测量时间在布拉格反射强度影响程度中的占比。诸如此类的所有因素影响布拉格反射的方式相同,这些因素都归属到比例因子(1.5节)。
本章重点介绍通过单晶X射线衍射确定结构。但是,对于中子衍射或电子衍射数据,也可应用相同或相似的方法。
1.2 电子密度
X射线的弹性散射取决于空间中的电子密度分布。晶体结构的周期性决定了散射集中在散射矢量方向上,即晶体倒易晶格矢量:
(1.1)
用整数(hkl)指标化布拉格反射。从实验测量的布拉格反射峰的强度中扣除其周围的背景强度,消除了非布拉格散射,*终获得了(1.1节)。
布拉格反射的散射波振幅和相位由周期电子密度?(x)的傅里叶系数给出,为
(1.2)
在一个晶胞内进行积分。结构因子F(h,k,l)以一个电子的散射量为单位,其中F(0,0,0)等于单位晶胞中的电子数。可以对结构因子做反傅里叶变换来计算电子密度,即
(1.3)
Vcell为晶胞的体积,对所有布拉格反射求和。
电子密度由无限个傅里叶系数F(h,k,l)组成,它通过穷举h、k和l的所有整数获得。但是,随散射矢量长度[式(1.1)]的增加,趋于,散射矢量长度为
(1.4)
其中,?是半散射角[图1.1(b)];是衍射实验使用的波长。实际上,这样一来散射矢量长度小于某个上限值的所有布拉格反射的结构因子完全包含在求和公式(1.3)中。衍射数据的分辨率通常用sin?/?的*大值或式(1.5)的*小值来描述,即
(1.5)
分辨率的另一个流行称谓是*大散射角,如果已知光源的辐射波长,那么可以从该角度获得数据的实际分辨率[式(1.5)]。
表1.1比较了各种优劣分辨率的测量值。使用布拉格反射强度的大量精确测量数据计算出了扑热息痛的傅里叶图(图1.2),该数据发表在*近的参考文献[2]中。选用表1.1所示的分辨率采集数据,由这些数据计算出一系列傅里叶图。图1.3显示了几幅通过苯环剖切面的傅里叶图。该图反映了傅里叶图的几个性质。首先,原子在结构中的位置对应于傅里叶图中的局部*大值。一旦确定了反射峰的相位,就可以用该性质来获得结构模型。局部*大值的宽度由热运动和原子尺寸共同确定。但是,宽度随着数据分辨率的降低而增加。对于有机和无机化合物的典型分辨率的数据集,其局部*大值宽度主要受级数断尾效应的影响,而与热运动无关[图1.3(a)~(c)],另外傅里叶图不适合估算原子位移参数(ADP)。
即使低至的分辨率,级数断尾效应也不会妨碍根据傅里叶图构建结构模型。在更低的分辨率下,越来越多的原子*大值被宽化,也就是说这些变宽的*大值处并没有原子存在。因此,即使反射的相位是正
展开