司马迁在《司马相如列传》论赞中写道：“《春秋》推见至隐，《易》本隐之以显。”太史公认为《春秋》与《周易》之间有着深层的内在关系。而司马迁本人认为自己撰写的《史记》是要“绍明世，正《易传》，继《春秋》”（《太史公自序》）。从学术思想而言，《史记》与《周易》《春秋》之间存在着深层的内在联系，受到了《周易》《春秋》的深刻影响。
司马迁的易学思想继承父亲司马谈的家学渊源，而司马谈受教于注重大谊主旨的杨何易学，在司马迁身上能够看到杨氏易学的影子。《史记》“通古今之变”的修史宗旨，接受了《周易》“通变”思想的影响，其“观古今之变”“协古今之变”“通古今之变”和《周易》“变易”“易简”“不易”三个层次之间保持着对应的关系。司马迁通过历史事件的记载鲜明地透露历史“长于变”及“其所由来者渐矣”的渐变思想，提出考察历史要“见盛观衰”。司马迁接受《周易》“终则有始”的思想，提出认识历史要“综其终始”，《史记》甚至带有历史循环论的色彩。受到《易经》卜筮传统的濡染，《史记》记录了诸多的卜筮、相事，而且司马迁都表示了信服的态度。当然在卜筮之外，太史公相信德性的重要性，也反映司马迁在天命与人事两者关系认识上的矛盾。《太史公自序》提出“《易》更天地阴阳四时五行”，司马迁在《天官书》中探讨了天运之变与人事变动之间的关系，有“天人感应”的倾向，但同时也强调德性在天人关系上的重要性。在人生观上，《史记》所表现出的“立功名于天下”“见几而作”“谦让”“进退盈缩，与时变化”等人生的诸多品格在《周易》思想中都能找到深刻影响的因素。《外戚世家》所提出的“《易》基《乾》《坤》”观念对司马迁夫妇伦理观影响甚大，从王朝政治的角度来说，夫妇关系处理得当与否是国家兴衰的重要因素。《周易》“致天下之民，聚天下之货”的交换观念对《史记》的经济思想影响甚大，这在《货殖列传》《平准书》等传记中有鲜明的反映，但司马迁在当代功利性非常浓重的情境下，又提出了“以礼义防于利”。《周易》“同归而殊途，一致而百虑”的思想又成为《史记》论学、论治、论术的重要方式，同时《史记》运用较为繁富的《易》语来评价历史事件或人物，《周易》的忧患意识也渗透在司马迁《史记》的编撰过程之中。司马迁从《周易》中吸收营养，形成自己的独特史观。
司马迁以孔子作《春秋》的使命感来要求自己编撰《史记》，其在《太史公自序》中所提出的关于《春秋》的一些观念在《史记》文本中都有鲜明的体现，并在此基础上有所发展。《春秋》“上明三王之道”，在《史记》中表现为对王道核心的“德”“礼”的推崇，特别是司马迁提出“亲民”“礼让”在政治生活中的重要性，表明司马迁以儒家为主的思想基调。司马迁认为《春秋》“辩是非，故长于治”，《史记》继承《春秋》经世致用的思想，其“劝善惩恶”的理念、“刺讥”的精神，都表明《史记》的编撰是“述往事，思来者”，可以成为“百王大法”。司马迁继承《春秋》“一字寓褒贬”“微言大义”的笔法并加以发展，尤其从“君子日”形式到“太史公日”形式的发展，在传中人物的安排以及篇目的设置上，《史记》表现出子书的鲜明特性。司马迁认为孔子作《春秋》“欲载之空言，不如见之于行事之深切*明也”，在叙事中有所寄托，但《春秋》叙事较为简单，《史记》在纪事上为繁富。重要的是，司马迁思想主要寄托在纪事之中，形成了“于序事中寓论断”的特点：叙小事，以见大处；实录其言行，以见其人；以事例对比，彰显其旨；重点人物与事件不断关注；“重言”使用；借助传中其他人物的言语来评价人物；等等。这形成其“于序事中寓论断”的多重具体方式。相对于《春秋》而言，司马迁的《史记》个人主体性强，主要原因是“发愤以抒情”思想的渗透。
从司马迁“绍明世，正《易传》，继《春秋》”的作史目的来看，《史记》的精神主要是受儒家思想的影响。《史记》实际上是一部特殊形态的思想著作（经书）。它秉承先秦的学术传统，整合百家思想，自铸伟辞，以演变的历史和人物的活动为载体，以文学的样式为表现手段，阐明关于治乱规律的认识和对天人之际的反思。
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