这些基本观点无不是把语言和意义作为分析对象，可见逻辑经验主义讨论的主要对象是处于科学系统最基础层次的语词、概念和科学陈述。
波普尔虽然反对逻辑经验主义的“归纳”方法，反对经验证实的哲学主张，但他研究的对象一样是科学的指称和命题，只是他采用了极端的“演绎主义”，即证伪的方法。波普尔在其著作《科学发现的逻辑》序言中指明他与逻辑经验主义的分歧所在：“语言分析学者把自己看作是一种哲学所独有方法的实践者。我想他们错了，因为我相信，哲学没有任何独有的方法。认识论的中心问题从来是，现在仍然是知识增长的问题。而研究知识增长的最好方法是研究科学知识的增长。”波普尔关注的重点从逻辑经验主义静态的经验证实，转移到动态的经验证伪，并提出科学知识增长的“P1—TT—EE—P2……”模型。然而波普尔与逻辑经验主义的分歧并不是关于讨论对象的转变，二者讨论的仍然是科学系统中作为单独命题或单独理论存在的最基础层次。所以，卡尔纳普在自述中提到波普尔和他们有相近的哲学观点，只是波普尔本人夸大了他们的分歧。
“观察渗透理论”命题、奎因的整体论以及“非充分决定性论题”（thethesisofunderdetermination）让单独的科学陈述或理论面对经验的证实或证伪遇到挑战。库恩提出“科学革命”的概念，用范式格式塔式的转换来代替波普尔单独理论证伪的科学发展图景。库恩用“常规科学”、“科学革命”、“科学共同体”、“范式”等概念分析科学作为一个整体在历史演化中的特征，这样便把研究尺度从逻辑经验主义和证伪主义关注的微观层次上升到了整体的宏观层次。
拉卡托斯不满于库恩在分析科学整体演化特征时把社会、心理等外在的因素引入科学史，也批判波普尔单独理论面对经验证伪的观点。
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