吕澂先生作为20世纪研究佛教法相唯识学的一朵瑰丽的奇葩，宗于护法、玄奘系唯识今学的教旨，并多有批判、独创精神。《吕澂唯识学思想研究》分为上、下两篇，上篇名为：吕澂唯识学思想与印中佛学源流；下篇名为：吕澂唯识学思想与真善美哲思。上篇分为三个部分：第一部分“正学”，阐述了吕澂对唯识学基本概念和教义的诠解。第二部分“清源”，揭示了吕澂如何把唯识学溯源到印度佛学的律动性。第三部分“拣择”，探讨了吕澂一方面对中国佛教“性觉”说进行批判，另一方面再把其源头引入到唯识学上来的简别。下篇也分为三个部分：第四部分“求真”，主要厘清了吕澂对唯识因明逻辑学等议题作出辨证。第五部分“问善”，是说吕澂依据唯识学义理对儒道佛的心性伦理思想作出判摄。第六部分“审美”，呈现出吕澂凭藉佛教唯识教义，建构“唯识美学”以及对西方美学理论作出分析解构的系列观点。吕氏意图通过复兴玄奘传来的印度纯粹之唯识学，对中国佛学出现的种种弊端进行纠正，从而“革新”出中国佛教，乃至人生、社会新的风貌出来。但是吕氏的批判理性同时也给佛教界和思想界造成了极大的心理压力，故而多遭到摈斥。如何在理性与信仰之间的张力中理解吕澂先生是一个交织的两难问题。