《南京学研究》（第二辑）的栏目设置，除延续此前的“‘南京学’纵横谈”“考古发现与文化遗产”“古都历史与景观变迁”“历史名人与地域文化”“文献档案”以外，还结合市委市政府“十四五”规划和2035年远景目标，新增了“当代南京城市研究”“‘文学之都’专栏”。收录的几十篇文章，都是经过专家们的认真评审，在学术观点、材料或方法上具有独创性或较多新意的佳作，代表了目前“南京学”研究的总体水准，体现了“立足南京、研究南京、服务南京”的价值取向。

“南京学”纵横谈
南京地域文明体的文化格局与特质
中国唯一跨江的古都一南京
考古发现与文化遗产
“太伯奔吴”之地望及南京原始居民的族属
城市考古之于建构城市文化史的重要基础作用刍议
——以南京西街遗址考古研究为例
南京明城墙铭文石刻研究
古都历史与景观变迁
金陵赏心亭小识
浦口战俘营若干问题的再研究
时空框架下的南京百年城市水系演变
历史名人与地域文化
南宋天禧寺南轩小考
栖霞——南京历史碑刻的半壁江山
秦淮文化旅游及其资源保护与更新问题研究
当代南京城市研究
南京公共文化服务设施的空间差异与格局优化
新时代文明实践中心建设：南京实践与未来路径
文献档案
美国驻南京总领事裴克致驻华公使詹森函
——中国提出解决中日争端新办法
一·二八事变之后美国驻南京副领事芮诺思
与中方相关人员的一组会谈备忘录
“文学之都”专栏
塑造文学地标，建设“文学之都”
——在“文学之都”经典文库首发式暨专家研讨会上的讲话
传世名著，点亮文都
——在“文学之都”经典文库首发式暨专家研讨会上的讲话
“文学之都”经典文库首发式暨专家研讨会会议纪要
“文学之都”南京的“文化基因”与“诗性体现”
——“玄武湖读书汇·我们一起来阅读经典”答问录