水产种质资源是水生生物资源的重要组成部分和渔业发展的物质基础，建立水产种质资源保护区是保护水产种质资源的重要措施之一。为加强水生生物资源和水域生态环境保护，农业部根据《渔业法》等法律法规规定和国务院印发的《中国水生生物资源养护行动纲要》有关要求，于2007年开始审定公布国家级水产种质资源保护区。保护区的建立，对保护重要水产种质资源、促进渔业可持续发展和维护渔业合法权益发挥了重要作用。
　　为便于各级渔业管理部门、科研单位和有关部门及时了解掌握国家级水产种质资源保护区的有关情况，帮助有关人员开展水产种质资源保护区管理工作，现将国家级水产种质资源保护区有关资料汇编成册，供参考使用。第二批国家级水产种质资源保护区共63个。

中华人民共和国农业部令（2011年第1号）
水产种质资源保护区管理暂行办法

中华人民共和国农业部公告（第947号）
国家级水产种质资源保护区名单（第二批）

河北省
阜平中华鳖国家级水产种质资源保护区

山西省
圣天湖鲶鱼黄河鲤国家级水产种质资源保护区

内蒙古自治区
1.呼伦湖红鳍鲌国家级水产种质资源保护区
2.达里诺尔湖雅罗鱼国家级水产种质资源保护区

辽宁省
双台子河口海蜇中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区

吉林省
1.鸭绿江云峰段斑鳜茴鱼国家级水产种质资源保护区
2.牡丹江上游黑斑狗鱼国家级水产种质资源保护区
3.珲春河大麻哈鱼国家级水产种质资源保护区

黑龙江省
1.黑龙江嘉荫段黑斑狗鱼雅罗鱼国家级水产种质资源保护区
2.松花江乌苏里拟细鳞斜颌鲴国家级水产种质资源保护区
3.黑龙江李家岛翘嘴鲐国家级水产种质资源保护区

江苏省
1.长江大胜关长吻鲍铜鱼国家级水产种质资源保护区
2.固城湖中华绒螯蟹国家级水产种质资源保护区
3.高邮湖大银鱼湖鲚国家级水产种质资源保护区
4.长江扬州段四大家鱼国家级水产种质资源保护区
5.白马湖泥鳅沙塘鳢国家级水产种质资源保护区

浙江省
乐清湾泥蚶国家级水产种质资源保护区

安徽省
1.泊湖秀丽白虾青虾国家级水产种质资源保护区
2.长江安庆段长吻大口鲶鳜鱼国家级水产种质资源保护区
3.武昌湖中华鳖黄鳝国家级水产种质资源保护区
4.破罡湖黄颡鱼国家级水产种质资源保护区
5.焦岗湖芡实国家级水产种质资源保护区

江西省
1.桃江刺鲃国家级水产种质资源保护区
2.庐山西海鳡国家级水产种质资源保护区
3.太泊湖彭泽鲫国家级水产种质资源保护区
4.泸溪河大鳍鳠国家级水产种质资源保护区
5.抚河鳜鱼国家级水产种质资源保护区

山东省
1.泰山赤鳞鱼国家级水产种质资源保护区
2.马颊河文蛤国家级水产种质资源保护区
3.蓬莱牙鲆黄盖鲽国家级水产种质资源保护区
4.黄河口半滑舌鳎国家级水产种质资源保护区
5.灵山岛皱纹盘鲍刺参国家级水产种质资源保护区

河南省
1.光山青虾国家级水产种质资源保护区
……
湖北省
湖南省
广东省
广西壮族自治区
海南省
重庆市
四川省
云南省
陕西省
甘肃省
青海省
东海区
南海区
中华人民共和国农业部公告（第948号）
国家级水产种质资源保护区分布图（前二批）