水产种质资源是水生生物资源的重要组成部分和渔业发展的物质基础，建立水产种质资源保护区是保护水产种质资源的重要措施之一。为加强水生生物资源和水域生态环境保护，农业部根据《渔业法》等法律法规规定和国务院印发的《中国水生生物资源养护行动纲要》有关要求，于2007年开始审定公布国家级水产种质资源保护区。保护区的建立，对保护重要水产种质资源、促进渔业可持续发展和维护渔业合法权益发挥了重要作用。
　　为便于各级渔业管理部门、科研单位和有关部门及时了解掌握国家级水产种质资源保护区的有关情况，帮助有关人员开展水产种质资源保护区管理工作，现将国家级水产种质资源保护区有关资料汇编成册，供参考使用。第三批国家级水产种质资源保护区共57个。

中华人民共和国农业部令（2011年第1号）
水产种质资源保护区管理暂行办法
中华人民共和国农业部公告（第1308号）
国家级水产种质资源保护区名单（第三批）

河北省
1.衡水湖国家级水产种质资源保护区
2.白洋淀国家级水产种质资源保护区
3.秦皇岛海域国家级水产种质资源保护区

山西省
沁河特有鱼类国家级水产种质资源保护区

吉林省
松花江头道江特有鱼类国家级水产种质资源保护区

黑龙江省
1.黑龙江呼玛湾特有鱼类国家级水产种质资源保护区
2.海浪河特有鱼类国家级水产种质资源保护区

江苏省
1.骆马湖国家级水产种质资源保护区
2.涌湖国家级水产种质资源保护区
3.长荡湖国家级水产种质资源保护区
4.邵伯湖国家级水产种质资源保护区
5.长漾湖国家级水产种质资源保护区

浙江省
1.千岛湖国家级水产种质资源保护区
2.东西苕溪国家级水产种质资源保护区

安徽省
1.徽水河特有鱼类国家级水产种质资源保护区
2.长江安庆段四大家鱼国家级水产种质资源保护区
3.阊江特有鱼类国家级水产种质资源保护区
4.城西湖国家级水产种质资源保护区

江西省
1.萍水河特有鱼类国家级水产种质资源保护区
2.万年河特有鱼类国家级水产种质资源保护区
3.涉水特有鱼类国家级水产种质资源保护区
4.信江特有鱼类国家级水产种质资源保护区

山东省
1.靖子湾国家级水产种质资源保护区
2.乳山湾国家级水产种质资源保护区
3.前三岛海域国家级水产种质资源保护区
4.小石岛刺参国家级水产种质资源保护区
5.桑沟湾国家级水产种质资源保护区

河南省
1.南湾湖国家级水产种质资源保护区
2.丹江特有鱼类国家级水产种质资源保护区

湖北省
1.太白湖国家级水产种质资源保护区
2.长江监利段四大家鱼国家级水产种质资源保护区
3.丹江鲌类国家级水产种质资源保护区
4.皤河特有鱼类国家级水产种质资源保护区

湖南省
广东省
广西壮族自治区
海南省
重庆市
四川省
贵州省
云南省
陕西省
甘肃省
青海省
新疆维吾尔自治区
东海区
中华人民共和国农业部公告（第948号）
国家级水产种质资源保护区分布图（前三批）