争议管辖的运作程序主要为：第一，递交申请与初步反对意见。由于各缔约国和人权委员会都可以向法院正式提起诉讼，所以因提起主体的不同，在具体程序上也略有区别。如果提起指控的是公约的缔约国，要求指控国与被指控国必须均已接受法院的争议管辖，而且要求《公约》第48条至第50条所规定的美洲人权委员会有关指控的适当程序均须用尽。指控国应向法院秘书递交申请书，一式20份，申请书应注明申请目的、所牵涉的人权问题、代理人的姓名和地址。如有关联，还应说明对美洲人权委员会意见的不同看法。收到申请书后，法院秘书应立即请求美洲人权委员会对此提出报告。如果案件是由美洲人权委员会提起，则必须已经被接受并经过调查，而且要求美洲人权委员会的报告草案已经送交当事缔约国；同时，要求该当事缔约国已经接受法院一般争议管辖或者针对某段时间或某项案件的特别争议管辖。委员会应向法院秘书递交一份正式签署的申请书和一式20份的意见书，申请书应注明申请目的、所牵涉的人权问题和案情等。在由美洲人权委员会提交的案件的审理程序中，尽管只有委员会和当事国被视为对立的双方，法院也允许受害人的律师出庭对委员会进行协助。如果美洲人权委员会将案件移交美洲人权法院，就会通知被指控人。指控人也有机会提出意见，并要求委员会寻求临时性措施。这样，尽管在案件的和解阶段个人没有权利直接向法院提交案件，但是他们的代理律师作为委员会的顾问可以参加法院诉讼的各个阶段。收到上述申请书后，法院秘书应通知案件有关缔约国（如果提起诉讼的是公约缔约国，还应通知美洲人权委员会），并向它们转交申请书的副本。法院秘书还应将收到通知书的情况通知其他缔约国和美洲国家组织秘书长。被指控的一方可以针对原申请书提出初步反对意见。初步反对意见书须以一式20份送交法院，送交时间应在针对提出反对意见的一方的书面诉讼开始之前。秘书长收到初步反对意见书不得成为暂时终止关于实质问题的程序的理由。在法院休庭时，法院院长应确定另一当事方提交书面意见和提出诉讼主张的期限。案件送交法院后，法院有权全面审查委员会对事实和法律的结论，包括委员会认定的用尽国内救济的结论也在审查范围之内。法院在收到其他各方以及美洲人权委员会代表的答复意见之后，应对反对意见作出裁决或将反对意见并入案情审理。法院在开庭之前，法院院长应就程序问题确认当事各方的代理人和美洲人权委员会主席委任的代表的意见。然后，院长应说明提出诉状、答辩状和其他文件的顺序和时限。
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