他为刻经、兴学而捐弃家产；以衰迈之身欲亲赴扶桑搜购中国唐宋遗帙著述，终因举步艰难只得致书南条，开列欲购经典。如唐法藏《大乘起信论义记》、《大乘密严疏》、《楞伽经疏》，唐澄观贞元新译《华严经疏》，唐宗密《圆觉经大疏钞》以及《华严行愿品疏》、《华严搜玄记》、《胜鬃经述记》写本，还有如宋元照《观无量寿佛经疏》等，均不惜以重价购求。他不以获得大乘经典原典梵文为满足，尤以虔诚之心求教南条，学习梵文，“稍知崖略”①，以广学识。如此好学不倦，也是他的文化使命感的具体表现。他还确立了初、中、高（沙弥、比丘、菩萨戒）三级课程的僧学教育制度②，开近代僧教育之先河。故其“门下多材，谭嗣同善《华严》，桂伯华善密宗，黎端甫善《三论》，而唯识法相之学有章太炎、孙少侯、梅撷芸、李证刚、蒯若木、欧阳渐等，亦云夥矣。”③还编写了《佛教初学课本》及中学课本，开辟了普及佛教知识的前驱先路。
杨氏不仅以广求古德佚书，复兴中国佛教为己任，而且欲弘扬佛法于西方世界夙著辛劳。据南条文雄言，“《大乘起信论》之梵文，唐代以后即不传于世”④，杨仁山因此与之相约，将此经据梁译翻为英文，并与英人李提摩太通力合作，了此夙愿。他还在祗洹精舍开设芙文课程，强调以英文贯通华梵，希望促进佛教的国际交流，以及在印度的复兴和在西方列国的传布。直到临终前，他还念念不忘处分刻经事业，至金陵刻经处后事安排妥帖，沉浸在虔诚的净土信仰中溘然而逝。
刻经、兴学是杨仁山的毕生事业，也是其一生的主要贡献。但杨氏学兼内外，且熟悉西方政治和现代科学技术，对资本主义文明有望尘莫及之叹，又与当时进步思想家多相往还。所以，其事业之成就和思想潜移默化之渗透作用远不止在刻经流通和僧学教育等有形事业中。其影响所及，普被僧、俗、政、学，不仅开近代居士佛学之新风，而且直接影响了丛林佛学和经世佛学。上述近代佛学的三个方面都有其思想和实践的明显印迹。梁启超说，对于佛法“而凡有真信仰者，率皈依文会”，绝非纯系溢美之词。
晚清佛学之复兴，其得力于在家居士发扬者尤著，故当时于佛、法、僧三宝外，又有四宝之说。清末民初，我国学者名流、政界显贵、大德高僧无不竞相研究佛学，谈禅说偈，著书立说，也多与居士的提倡和身体力行有关。杨仁山以居士之身，而为佛门之尊宿，上承明代四大师融合诸宗、会通三教之遗风，继彭绍升之后，掀起居士佛学之新潮，下启20世纪上半叶佛学复兴之盛况。他首刊魏源《净土四经》并作序阐明其净土思想，映衬了龚、魏以经术求治、以佛法求世法的近代社会思潮。其后，有梁启超佛儒结合的东方人生哲学、佛教救世思想和佛教史与佛教哲学的研究；谭嗣同以心识为体、以仁为用的经世佛学；康有为的大同理想和救世主义；章太炎的法相唯识哲学，均与杨仁山有不同程度的关系。特别是谭嗣同，以杨仁山为其学佛的第二导师，“从之游一年，本其所得以著《仁学》”①，显而易见，其经世佛学，亦直接承杨氏性相融合、儒释融合、中西融合思想之精髓。就连鲁迅先生，也在杨氏和时代风尚的召感下，施资刊刻佛教通俗读物《百喻经》。
杨仁山以金陵刻经处为基础形成的近代佛学之一系，为传扬佛教文化，创祗洹精舍，发展而为支那内学院，乃至法相大学，专以校勘经论，弘扬唯识学为宗。其门人欧阳渐、梅光羲、王恩洋、吕秋逸等志虑忠纯，才华卓绝，不仅使绝响千余年的法相唯识学重放光华，而且使学者名流刮目倾心。若梁启超、汤用彤、梁漱溟、熊十力等均入室执弟子礼，使佛学由社会走向高等学府的讲坛，而得以发扬光大，给近世居士佛学增添了异样的光彩。
尤其需要提及的是，杨仁山祗洹精舍一系，实为20世纪上半叶中国佛教、佛学的中流砥柱，其门人欧阳竞无居士和以“政治和尚”誉满海内的太虚大师，各据支那内学院、武昌佛学院，形成宁汉两系对立而遥相呼应的态势，对当时僧学教育之发展，具有启发和领导作用。我国僧俗界佛学研究之方向，大有唯此两大巨擘马首是瞻之趋势。
梁启超在《清代学术概论》中指出杨仁山“栖心内典，学问高而道行博……深通法相、华严两宗，而以净土教学者”。此话确实指明了杨仁山思想的大概。用杨仁山自己的话讲，他的思想既非“维新”，也非“守旧”，而“志在复古”，即“本释尊之遗教耳”②。其实这也是当时“托古改制”之说在杨氏思想上的折射而已。
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