二是当事人起诉和人民法院决定相结合。《管辖规定》在指定管辖和提级管辖的启动上赋予了当事人一定选择权，但最终是否要实行指定管辖或者提级管辖，必须由人民法院作出决定。公民、法人或者其他组织以案件重大、复杂为由或者认为有管辖权的基层人民法院不宜行使管辖权，可以直接向中级人民法院起诉。对于当事人的起诉，中级人民法院应当结合本地实际情况和案件具体情况确定案件的管辖，对于可能存在影响公正审理事由的，应当指定本辖区其他基层人民法院管辖或者决定自己审理；如果认为被告所在地人民法院能够保证案件审理的公正与效率，也可以书面告知起诉人向有管辖权的基层人民法院起诉。
三是以指定管辖为主，以提级管辖为辅。实践证明，适当提高个别行政案件的审级对于保证公正审理案件是必要的，同时也要坚持和体现将矛盾和争议解决在基层的原则和精神。《管辖规定》在对中级人民法院管辖的第一审行政案件适度进行调整的同时，重点对中级人民法院指定管辖作出了规定。各地在执行过程中应当坚持以指定管辖为主，确有必要时再选择提级管辖，尽可能将行政争议化解在基层。
四是兼顾方便诉讼与案件平衡。指定管辖可能会给当事人带来一定程度的不便，因此在确定管辖法院时，应当尽可能采取就近原则。地处边远、交通不便的地方，应当考虑当事人的困难和负担，必要时可以征求当事人的意见。同时，还应注意通过指定管辖，适当均衡各基层人民法院审理行政案件的工作量，使司法资源得到合理配置。
五是防止法院之间固定对应管辖。中级人民法院在指定管辖法院时，应当尽量避免两个人民法院之间形成规律性的固定对应管辖，防止因此而产生负面效应，影响指定管辖作用的发挥。
六是立案和审判机构协同配合。行政案件的立案受理和管辖涉及的问题往往比较复杂，鉴于行政审判庭对受案范围和起诉条件的把握较为熟悉，对辖区法院的司法环境、行政案件质量及行政审判力量配置等情况更为了解，在决定案件管辖问题时，立案庭和行政审判庭要加强沟通配合，对如何确定管辖法院立案庭应当在主动征求行政庭意见后作出决定。高级人民法院和中级人民法院要结合本地实际，对行政案件管辖工作分工和衔接问题制定相应的具体措施。
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