上述常行三昧法，对后世的净土信仰大有影响。日本的净土教，其渊源也是以叡山的常行三昧法为始。在中国的南山岳、五台山都建有常行三昧堂。日本的慈觉大师圆仁，也在回国的翌年（八四八），在觳山东塔创建常行三昧堂。其后，由东塔传至西塔及横川等地也相继建立，故念佛的法门遂得到勃兴的机运。
此外，关于净土法门，天台智颛临终时，念西方净土之弥陀这件事，见于其传记：还有日莲虽在初期否定净土教的相对性二元论而强调绝对一元的世界，但到晚年时，虽然不是弥陀净土，但他也把释迦净土（灵山净土）置于彼岸，作为能往生的地方。这是不是表示佛凡一体、娑婆即净土的绝对一元之佛教思想遇到了界限而崩坏了呢？或者是从这种绝对性一元论能够产生出那样的相对性二元论呢？这不只是对于天台法华，即使是对于佛教全体来说都是大问题。
若再进一步观察常行三昧之所说，会发现它一方面以有相的佛配置于净土，另一方面却又强调“佛不用心得，不用身得”，“心者佛无心，色者佛无色，故不用色心得三菩提”，“设有念亦了无所有空耳”。（卷第二上，大正四六·一二○）他在述及常坐三昧时又有一句话说：“见如来而不取如来相。”由此可知，他毕竟是以绝对一元之不二，空为其根底，而相对二元之相最后也是归之于此。
但是，反过来说，不二、空并不是无，而是有无二边的扬弃、统一。因此它能够应时而说而二之有相。在述及非行非坐三昧时，他就说过：“不得言无”，“不得言永灭，若永灭则是断见”，“非有故空，非空故有，不得空有，双照空有”（卷第二上，大正四六·一五C——六A）。《法华玄义》卷第一上又说：“空非断无，故言空有；有即是空、空即是有，故言不二。”（大正三三·六八二C）六祖妙乐湛然将此称为“不二而二、二而不二”，也就是“为实施权，则不二而二；开权显实，则二而不二”。（《法华玄义释签》卷第十四，大正三三·九一八B）。三种净土观上述论理若配置于净土思想，即成娑婆与净土的不二、空，或娑婆即净土，就是说现实的娑婆之外别无净土。积极地说，就是在充满无常、苦的现世当中，纔能感得永恒、极乐的净土。这用一句话来说，就是“存在的净土”。这是绝对净土，是绝对一元的世界。天台智头所说的“常寂光土”即此。妙乐堪然解释说：“岂离伽耶，别求寂光；非寂光外，别有娑婆。”（《法华文句记》卷二十五）
日本天台的慧心僧都源信，在其《往生要集》述及常行三昧法时说，凡夫、娑婆与弥陀、净土是“本来空寂而一体”（卷上之末），在《观心略要集》中说：“我身即弥陀，弥陀即我身；娑婆即极乐，极乐即娑婆。……故不应迁过十万亿国土而求赡养净剎。若翻一念妄心，思法性之理，则以己心见佛身、以己心见净土。”
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