基于三维综合交通运输理论分析综合交通运输相关经济现象和经济问题，就是基于生产目的、生产方式、生产运作的综合交通运输经济分析框架。建立三维综合交通运输分析框架，在理论上极大方便了基于经济学角度研究综合交通运输“生产什么”、“用什么生产”和“如何生产”的问题。
生产什么是一个企业、一个产业需要解决的首要问题，对于交通运输业来说，表面上来看似乎不是一个问题，因为运输业必须为社会经济提供相关的交通运输服务。然而，对于不同国家、不同地区，生产什么（旅客运输、货物运输、城市交通、城乡交通、国家交通等）仍然是交通运输行业认真思考的问题。交通运输业是一个投资巨大的产业，在资源约束条件下，一定时期内投资生产什么（形成相应运输服务能力）是需要科学规划和认真研究的。客运方面投资多了将影响货运投资，城市交通投资多了可能会影响城乡交通、农村交通等方面投资。因此，生产什么是各级政府在交通运输业发展中首先需要解决的问题。
用什么生产是解决综合交通运输体系内不同运输方式之间合理匹配，发挥各自比较优势的重要问题。不同交通运输方式具有不同的技术经济特征，它们在速度、载运能力、线路的连续性、能源消耗水平、土地占用面积、安全与舒适程度、环境污染等方面具有各自特点，基于结构维度的交通运输发展需要探析不同运输方式间的关系问题。从经济性和效率角度，平行线间不同运输方式的边际运量的利润相等时，运量的分配就是有效率的。因此不同运输方式在发展中应当关注相关运输方式的规划，避免出现过度建设导致的运力浪费以及由此产生的过度竞争。从国家综合交通运输体系的建设看，应当发挥不同运输方式的比较优势，保持不同运输方式间合理的比例关系。综合交通运输发展应当基于不同运输方式有一个统筹规划，避免各种运输方式发展不平衡导致的整体效率浪费。
交通运输是外部性很强的产业，其规模和结构不仅影响和制约社会经济的发展，同时也在很大程度上影响甚至决定能源消耗、尾气排放、噪音污染等。交通运输的（负）外部性是对其在促进社会经济发展方面作用的抵扣，因此，从结构维度出发，通过优化不同运输方式的比例，优化城市居民出行结构比例，降低交通运输的负外部性是提升运输产业品质的重要举措和方略。
如何生产是提高既有交通运输资源利用效率的关键所在。交通资源的数量，不同运输方式的规模并不能完全决定综合交通运输体系的整体运能和效率，交通运输资源的合理化配置，不同运输方式的合理衔接与协作是决定综合运输效率的关键所在。任何社会运输活动（包括旅客运输和货物运输）都有其明确的始发和终到地点，没有把货物或旅客送达到最终目的地，运输服务就没有完成。从这个意义上讲，单独的某种运输工具所提供的运输服务并不是完整的，如铁路的站到站运输，民航的机场到机场运输。运输活动只有完成了从最初的起始点到终极目标点的全过程，才算是完整的运输产品。从这个角度看，基于不同运输方式一体化协作所提供的门到门、桌到桌的完整运输链条是社会对运输服务的最终要求，由此，建立不同运输方式间无缝隙的、一体化的协作机制是综合交通运输生产运作模式的必然选择。不同运输方式间高效联结与协作是提高完整运输链条效率的保证。现代交通运输业提供的运输产品效用是二元的，即空间效用和时间效用。
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