1.法院职能。新疆高等法院是总核监督全疆司法的领导机关。1944年施行的《高等法院及分院处务规程》规定，高等法院院长有监督该院和所属法院以及各县司法机构、监狱看守所之权，院长对所属各院审判事务、首席检察官对所属区域内检察事务均有监督权。同时，高等法院有监督全省司法行政的责任。高等法院在司法行政方面直接受国民政府司法行政部的领导，案件审判业务则受最高法院的领导和监督。但在金树仁和盛世才在新疆实行独裁统治时期，新疆的各项司法业务几乎不受国家司法机构的领导和监督。直到国民党势力统治新疆时期，新疆高等法院才真正隶属于中央司法机构，司法行政方面接受司法行政部的领导，审判业务受到最高法院的领导监督。
2.法院设置。新疆高等法院成立初期，内部机构除检察处外，有民庭、刑庭、会计科、书记室。1943年增设监狱科。1944年秋，增设总务科、文牍科、人事科、统计科。1945年，会计科改为会计室。1947年，人事科改为人事室。虽然高等法院原设有人事科，但人事行政还未步人正轨：如各单位编制未具体颁发，仅有预算分配表作依据；没有正确登记任免、迁调、奖惩事项；未负责催办职员任职审查和铨叙事项；从未举办考勤、考绩、考成事项，缺少各种人事表册，无法进行人事统计，人事调整也没有依据，司法人员的服务精神和风纪难以整饬。为改进司法人事行政，新疆高等法院呈请设立人事室，并在所属各单位均设人事管理员，专门负责人事，督促切实办理各项人事行政事务。1949年，新疆解放前夕，新疆高等法院实有职员143人。
3.行政权对高等法院的干涉。政治势力对高等法院的干涉和影响较严重。以新疆高等法院院长和首席检察官人员变动情况为例。1935年高等法院由黄翰章、彭嘉惠分任院长首席。1936年由鲁效祖、方强分别继任。1937年9月鲁、方均被捕，院长由庭长姚士纯、张炯堂代行，首席由检察官黄廷珍代行。1938年刘效藜继任院长，1939年首席由张炯堂继任，不久又由黄廷珍代行，1941年改由王作宾代理，1942年由黄道继任。1943年刘汉升继任院长，不久黄道被逮，首席检察官又由黄廷珍代行。即使是高等法院院长和首席检察官都被任意变换和被捕，一般人员的人权更无从保障，因此，这一时期虽然建立了一些独立的司法机构，但司法受行政干涉仍很严重。
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