首先，政府资金投入不足。根据2009年全国人大常务委员会发布的《关于保障性住房建设项目实施情况的调研报告》显示，2009年，国家下达的保障性住房建设计划全国共需投入1676亿元，其中中央投资占比29.4010，地方占70.6010。但截至2009年8月底，中央下达的保障资金占预算的95.5%，地方只完成投资的23.6010。2011年，全国1000万套保障性住房建设任务给各地财政带来了很大压力，以至于一些地方开始出现廉租房“共有产权”或者直接出售廉租房的方式来缓解资金压力，这样会使真正低收入群体得不到应有的保障。2012年，全国要新建保障性安居工程700万套，尽管规模比去年略低，但如果加上2011年建设规模的结转部分，保障房建设的资金压力依、旧很大。所需资金大部分需要由地方政府筹集。我国保障性住房包括几种类别，每一种的资金问题都不尽相同，经济适用房、限价房等都有一定的利润，但廉租房具有公共性和福利性，它的资金问题也最为突出。我国廉租房属于公共品，它的出资主体和责任主体均为政府。各地发展不一样，一些中西部城市难以拿出资金建设廉租房，近几年保障房开工建设量不断增加再加上原材料等价格上升，使地方财政压力不断增加。
其次，土地出让收益增幅回落。土地出让收益是地方政府财政收入的主要来源之一。近几年，由于全国土地出让面积减少、国家房地产调控政策的出台以及稳健的货币政策等原因，土地出让收益增幅回落，从土地出让收益的支出情况看，拆迁补偿费仍是重头，以2011年为例，虽然保障性安居工程建设支出在各项土地出让支出中增长最快，但当年全国土地出让收入用于保障性安居工程只占支出总额的2%，平均看来低于要求的10%。
再次，金融方面的政策落后。从金融机构支持保障性住房的方式来看，主要为银行贷款，缺乏证券、保险、信托等金融产品的支持，金融支持保障性住房建设方式单一。金融机构支持力度不够主要有以下几个原因：（1）大部分保障性住房无法办理土地抵押。因为保障性住房的大部分建设用地都是政府划拨，不用缴纳土地出让金，这使得房地产开发商无法向金融机构申请土地抵押贷款。
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