具体来说，治理体系的碎片化主要体现为三个方面的问题。
（1）公民之间关系的断裂即社会的原子化问题。社会原子化是社会剧烈变迁过程的结果。它是指“由于人类社会最重要的社会联结机制——中介组织的解体或缺失而产生的个体孤独、无序互动状态和道德解组、人际疏离、社会失范的社会危机”。社会原子化的实质是中间组织的缺失导致社会失灵，其主要表现是个人间、群体间社会联系薄弱，社会纽带松弛，人际关系疏离，陷入利己主义的小圈子；个人与公共领域的疏离，使个人直接面对国家、政府和社会；社会规范失灵，社会结构“碎化”，各种社会制约因素趋于消解。
（2）公民与政府之间关系的断裂。这主要表现在：①社会治理尤其是基层社会陷入某种“无政府状态”的状态，政府权力缺位、失效、失控和不作为等情况非常普遍，助长了各种不公平现象的滋生和蔓延；②一些政府官员背离了人民群众的利益，政府部门成为特殊利益的工具，权力的滥用和不作为非常普遍，尤其是与民争利造成了尖锐的官民冲突，也导致了严重的双边信任危机；③政府信息不透明，政策过程黑箱化，利益表达机制不畅通，公民表达的效率低，甚至还遭到打击报复，缺乏影响政府及其官员的压力机制和问责途径。
（3）政府内部的割裂是指政府的碎片化问题。政府是建立在专业分工基础之上的职责体系。分工体系的高度发展最终形成了分割管理的模式。政府的碎片化是指行政业务之间、政府各部门之间、各地方政府之间、垂直部门与地方政府之间、各行政层级之间普遍的分割状态，主要表现是机构林立、权责分割、功能重叠、政出多门、效率低下等；中国政府的碎片化主要包括组织价值、权力和资源配置、政策过程的碎片化三个方面；而基层政府的碎片化问题尤其突出，其中主要是指价值、体制、政府职能和预算制度的碎片化等。
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