由于政府迟迟未能出台具体政策以切实解决农村儿童的营养改善问题，企业以及非盈利组织开始参与方案的探索试验中来。自2007年起，中国发展研究基金会⑩与地方政府、中国疾病预防控制中心以及企业合作，在广西都安和河北崇礼以学校供餐的方式开展了3年学生营养改善试验。基金会的试验虽然使政府意识到改善农村学生营养问题的重要性，也确实增加了财政投入，但是学校供餐依然未成为政府的一项义务，教育、财政部门对推行学校供餐仍然持谨慎态度。2009年10月起，中国青少年发展基金会先后联合卡夫食品有限公司和九阳股份有限公司发起“希望厨房”项目。2010年5～11月，中国发展研究基金会对西部部分省、区的调研发现，补贴资金的使用效率普遍较低，被调查的学生依然普遍存在营养不良以及热量摄入不足的情况，主要原因在于缺乏改善农村学生营养的制度保证。同年年底该基金会的评估报告《建立学校供餐机制，改善农村学生营养》送达温家宝、李克强和刘延东等国家领导人，并于2011年2月公开发布，引起社会各界广泛关注。2011年4月起，由邓飞等500多位记者、国内几十家主流媒体，联合中国社会福利教育基金会发起“免费午餐”的公募计划，提出“每天3元，让更多儿童免予饥饿”，截至2011年年底，免费午餐项目联盟共募集民间捐款3000多万元，为163所小学35000余名小学生每日提供一顿免费午餐。2011年5月起，广西壮族自治区马山县开始试点实施学生营养改善计划，由地方政府出资改造学校厨房基础建设、水电配套等基本的硬件设施；“九阳希望厨房”项目以标准化配套的方式资助整体厨房设备；中央财政补贴试点农村学校每个孩子每天3元营养餐费；“免费午餐”再补助1元。全县5.4万多名义务教育阶段学生全部享受营养免费午餐，形成了“政府主导，公益跟进，企业参与，多方合力”的“马山模式”。
在媒体的广泛关注下，政府开始组织政策专家进行专门讨论。2011年4月，西部农村学校供餐机制国际研讨会召开，教育、财政、卫生等部门负责人以及专家学者共聚探讨为改善学生营养上设计一套合理的、可持续的制度模式。国务委员刘延东对中国发展基金会秘书长卢迈的《关于西部农村学校供餐实行普惠制的建议》做出批示，要求推行。不久发布的《国家中长期教育改革和发展规划纲要（20102020年）》中，提出要“改善学生营养状况，提高贫困地区农村学生营养水平”，并启动民族地区、贫困地区农村小学生营养改善计划。2011年7月，中央政府决定从当年秋季学期启动民族县、贫困县农村免费午餐试点工作，将宁夏确定为首批试点省区。
在各方的不懈努力下，2011年10月26日，国务院常务会议正式通过了《国务院办公厅关于实施农村义务教育学生营养改善计划的意见》，决定扩大试点范围，包括680个县（市）约2600万名在校生。按中央财政每生每天补助3元的标准，国家每年需投入资金160多亿元。同时，提高农村家庭经济困难寄宿生生活补贴标准，其中，小学生由每人每天3元提高到4元，初中生由4元提高到5元。
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