在地方合作中，企业之间存在竞争博弈。市场经济的发展要求企业突破其行政区划界限而寻求广泛的合作，然而，企业是一个具有自身利益的经济主体。为了追求其自身利益的最大化，合作的出现还存在着相当大的不确定性。这种不确定性主要表现在合作博弈中的竞争行为。从合作过程中的利益冲突来看，在合作的过程中，企业追求其利润的性质不会改变。在利益的激励和驱动时，企业不仅仅只是采取互惠合作策略，企业之间还存在竞争博弈，为争夺市场、生产要素、技术而竞争。
为了获得竞争优势，企业除了依靠产品创造、制度创新之外，还可能向政府寻租。企业的寻租行为尽管会增加企业的经营成本，但它却从寻租中得到了巨大回报。国外的调查数据表明，向政府官员寻租是企业的一种经常性的行为。仅仅在美国华盛顿特区一地，就有数以万计的人全身心地投入游说国会和联邦政府的执行机构。《财富》200强之中65%的CEO平均每两周至少要去华盛顿一次①；世界银行的调查显示，大多数发展中国家的企业都可能行贿，并且贿赂花费占销售额的比重甚至有的达到9.3%。②然而，企业从寻租中得到了巨大回报。企业寻租过程中形成的保护——扈从关系，会在相当大的范围内扭曲政策，使政策的制定和实施向特定企业倾斜。例如，政府通过授予垄断权力、税收减免、制定市场限制，或者结成卡特尔来压制竞争。这种寻租行为产生的保护——扈从关系损坏了市场效率，违背社会公平与正义，削弱政府的公信度。
当市场经济平等竞争的市场秩序和环境尚未真正形成时，法制不健全，无法可依、有法不依、执法不严的情况普遍。市场主体之间的不正当竞争、盲目地追求自身的经济利益使得市场经济秩序环境存在着许多不足之处。这些因素阻碍了企业参与地方政府间的合作。同时，政府和市场、政府和企业关系尚未理顺也不利于合作的实现。政企不分使得企业缺乏竞争的活力、经营效率低下，导致政府机构臃肿、人浮于事、滋生腐败等。
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