另外，居住在北方的原土著居民阿伊努人的语言与朝鲜语、日本语在发音上有相似的地方，尤其与日本语一样由a、i、u、e、o五个元音组成。尽管阿伊努语无清音和浊音之别，且郑重语的发音全部是清音，但在语序方面，它们的形容词在名词之前，副词、目的语、补足语在动词之前都是相似的，乃至助词的用法也几乎是一样的。这有力地证明，日本语与北方语系也是有着切割不开的血缘关系的。
其三是来自北方、南方两语系交融的南北方重层语系。具体地说，它是在南岛语系的基础上吸收北方大陆语系而形成的。北、南双方的居民长期相互流动，带来不同的语言，包括诸多的地方方言，形成了重层语系，这也成为构建上古日本语的重要基础之一。
美国语言学家斯韦隶(Swadesh)采用语言年代学的方法，把日本语、朝鲜语和中国满语共同残存语的比例换成时间，由此推断日本语和朝鲜语约在六七千年前、中国满语约在9000年前已经从“祖语”分离出来了，并把它作为探索“祖语”发展的前提条件。但是，斯韦隶只从北方语系统来推断，似乎没有将日本语的起源与日本祖先的形成和文化的起源结合起来进行研究。总之，上古日本语的形成，与上述三大语言系统有着切割不断的历史联系。
关于日本文字的形成，上述日本语言起源的“神代说”认为，在使用假名之前就存在所谓的“神代文字”。最早提出这一论说的，是13世纪镰仓时代的神道学者卜部兼方，他在《释日本纪》中提到，“于和字者，其起可在神代”。其后19世纪江户末期国学家平田笃胤在《神代文字传》中还列举出47个字，认定是“神代文字”。后经考证，其实这是日本近古以来用于庶民识字教育的“伊吕波歌”，而且其出示的“神代”的代表文字，与朝鲜古代谚文相近似，是一个音节分子音和元音。据推测，它是模仿朝鲜谚文而产生的文字。
根据考古学的精密考证，直至绳文时代的许多遗物如土器、骨角器等，并没有一点文字的痕迹，这说明当时还没有足以将语言从听觉转向视觉的文字的技术。文献的记载也可证明日本没有固有的文字，比如《隋书·东夷传·倭国》就写道，倭国“无文字，惟刻木结绳。敬佛法，于百济求得佛经，始有文字”。日人斋部广成的《古语拾遗》序文也说：“盖闻上古之世，未有文字。”
据考古学的发现，汉字初传日本早于上述文献记载，盖于弥生时代中期，约公元1世纪初。王莽时代的货币已通过朝鲜半岛传人日本。在京都熊野郡久美滨町和大阪东住吉区出土的铸造货币，上面就铸有“货泉”二字，这是迄今发现的日本最早的记载着文字的遗物。从这里可见，日本最早是与汉字邂逅后才获得文字的。汉字传人日本还可以从《后汉书·东夷传》记有建武中元二年（57年）东汉光武帝赐印绶给委（倭）奴国王的金印得到印证。1784年，九州志贺岛一农民开垦时挖掘出土一尊刻有“汉委奴国王”几个字的金印，可加佐证。在奈良天理市东大寺山古坟出土的环头太刀背上刻有“中平口口五月丙午，造作文刀，百练清刚，口口口口”等字样的铭文，铭文中的“中平”即东汉灵帝的年号，其时约在公元2世纪末。此后在古坟出土的诸多神镜中还刻有汉字铭文。比如在奈良县北葛城郡广陵町新山古坟出土的“方格规矩镜”，镜背上就刻有“子丑寅卯辰巳午未申酉戌亥”半图案化的十二支文字。根据日本学者考证，当时日本古代人只将这些汉字当做是一种图案，没有认识到这是一种文字。但是可以说，这是汉字与日本的最初的邂逅，只不过没有普及罢了。
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