此后，理学大家程颢、程颐，人称河南二程，他们在李翱和张载人性论的基础上对人性善、恶作进一步的探索，二程的基本理论是把思想意识上的“理”作为宇宙本体根源。
程颢并相当自信地说：“吾学虽有所受，‘天理之字’却是自家体贴出来。”(《工程集·工程外书·卷十二》，中华书局2004．年第2版，第424页)并认为这个天理是至高无上的，应属于第一性。二程说：“天下物皆可照(遵照)理，有物必有则，一物须有一理。”(见《工程遗书·卷十八》，上海古籍出版社2000年版，第242页)并指出：“一物之理即万物之理”，“万物皆是一个理”。这就是说：天地万物形成和运行都是受一个“理”的规定和主导，是万物本体至高无上总的法则和根源。是事物生发的“所以然”为此，工程举例说：“如火之所以热，水之所以寒；……。”原因都是一个“理”在起作用。但这个超然自在的“理”究竟是什么？工程未加明确，人们也就不得而知，只能让人感觉到这如西方基督教义所称的“上帝”相当。这样工程与张载体认的物质性的“气”是宇宙本体根源，产生了明显的反差，形成了理一元论和气一元论的对立，从而从张载的具有唯物主义自然观的倾向走向了主观唯心主义。
二程也并不排斥气的存在，但他们认为形成天地万物的气是由理所主宰和安排的。也就是说，气的变化运行规律是由“理”所决定的，是“气”依存于“理”，天地万物是统摄于理，二程并认为“性即理”或称“天性”。指出天性是纯善无恶的。程颐在《二程遗书·卷二十二(上)》说：“性即理也，所谓理，性是也。天下之理，原其所自，未有不善。”并在《程氏经说·卷八·中庸解》中指明：“性与天道，一也。天道降而在人，故谓之性。性者生生之固有也。”二程用天道善而降于人来证明孔孟人性善之说，这与李翱、张载所持的观点是相一致的。并赞扬孟子说：“孟子言人性善是也。虽苟、杨亦不知性，孟子所以独出诸儒者，以能明性也。性无不善，而有不善者才也。性即是理，理则白尧舜至于涂人，一也。才禀气，气有清浊。禀其清者为贤，禀其浊者为愚。”(《二程遗书·卷十八》)关于“才”，根据《二程遗书》在多处的解说，这个“才”指的是人本身具备的才智或资质。但一个人的才智高下或资质好坏只能是由人体器官功能与人在后天生活实践的反复认知而获得，而不是所秉的清、浊之气而形成。更让人难以想象，形成万物之本源的气怎么还有清、浊之分？所以，只能说具有资质的人在后天所接触的事(物)是会有清浊之分的，秉其清者为善，秉其浊者则为恶。其实，也就是人在后天所接触的环境和教养因素的不同而导致人的善、恶之别。
也即是人们通常所说的“近朱者赤，近墨者黑”的道理，是后天人性具有的可塑性之特性而形成的善、恶行为，而不是先天所谓的清、浊之气所赋予的。
南宋集理学之大成者朱熹，在周敦颐、张载，特别是在二程理学基础上，进一步对理学进行了完善。他说：“天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也。
气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人物之生，必秉此理，然后有性；心秉此气，然后有形。其性其形，虽不外一身，然其道气之间，分际甚明，不可乱也。”(《朱文公文集·卷五八·答黄道夫》)朱熹把统摄万物的理又称为“太极”。他说：“总天地万物之理便是‘太极’。
而太极只是个极好至善的道理。……是天地人物万善极好的表德。……此理在天地间，即为阴阳，而生五行以化生万物；在人，则为动静，而生五常以应万事。日：‘动则此理行，此动中之太极也，静则此理存，此静中之太极也’。”(《朱子语类·卷九十四》，中华书局1986年版，第237l页)看来，朱熹对人性善的解析比“二程”条理要清晰。
他认为天地之间理和气是共同存在着。他说：“天下未有无理之气，也未有无气之理。”并指出：“……气是依傍这理行，及此气之聚则理在焉。”(《朱子语类·卷一》)这样就把工程至高无上的“理”，回归到自然运行规律层面上来认识，使人易于理解。因为宇宙是如何形成的？至今谁也说不清楚！朱熹还进一步指出，理是天地运行自然规律，是生成万物之本源，其性是极善的；气是由于天地自然运行规律所生发。人是依据理而有性，依据外在自然环境的发展演化而成形。所以，人的内在的性和外在的形是统一于一身而又有明显的区分。人性由天道(理)所赋，道(理)是至善的。形由气生，而气(资质)有清、浊之分，则人就有良、莠之别。这与“二程”人性善、恶理论基本是一脉相承的。
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