《灵枢·营卫生会》：上焦如雾，中焦如沤，下焦如渎。上焦气盛，故如雾露之空漾。下焦水盛，故如川渎之注泻。而气水变化之原，出于中焦。中焦者，气水之交，气方升而水方降，水欲成气，气欲成水，气水未分，故其形如沤。
气之化水，由于肺胃，水之化气，由于肝脾。肺胃右降则阴生，故清凉而化水。气不化水者，肺胃之不降也。肝脾左升则阳生，故温暖而化气。水不化气者，肝脾之不升也。气不化水，则左陷于下而为气鼓；水不化气，则右逆于上而为水胀。而其根，总因土湿而阳败，湿土不运，则金木郁而升降窒故也。
气鼓
气从上降，而推原其本，实自下升，坎中之阳，气之根也。气升于肝脾，肝脾左旋，温暖而化清阳，是气升于水分也。肝脾不升，阴分之气堙郁而下陷，故脐以下肿。
木性善达，其发达而不郁者，水温土燥而阳升也。水寒土湿，脾阳下陷，肝木不达，抑遏而克脾土。肝脾郁迫而不升运，是以凝滞而为胀满。
肝气不达，郁而生热，传于脾土。脾土受之，以其湿热，传于膀胱。五行之性，病则传其所胜，势固然也。土燥则木达而水清，土湿则气滞不能生水，木郁不能泄水，故水道不利，加之以热，故淋涩而黄赤。
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黄元御30岁时，偶患目疾，为庸工所误，导致左目失明，因此放弃仕途，转而潜心研悟岐黄之术。他在二十余年的行医生涯中，精研古圣经典，致力深而识悟彻，深得先圣遗旨，“空明研悟，自负古今无双”，在其著作中多有勘定古今之势。
黄元御著作颇丰，目前存世出版的有《素问悬解》《灵枢悬解》《难经悬解》《伤寒悬解》《金匮悬解》《伤寒说意》《四圣心源》《四圣悬枢》《素灵微蕴》《长沙药解》《玉楸药解》等11种。网络尚有其对《道德经》的诠解《道德悬解》流传，而其对《周易》的诠解《周易悬象》则至今未见存世传本。
在黄元御众多著作之中，《四圣心源》乃“诸书之会极”，是其巅峰之作，全面反映了黄氏“天人合一，一气周流”的学术特点。张琦在《四圣心源后序》中盛赞黄元御，“长沙而后，一火薪传，非自尊也”。