专业教育告诉学生可以做什么和怎样做；通识教育告诉学生应该做什么和为什么去做。”“通识教育为专业教育指明了意义和目的。……哈佛学院的每门课程，无论多么专业化，都要对通识教育目标有可识别的联系和贡献。在这个联系上的失败程度就是在专业教育上的损失程度。”实际上，有许多学生正是在选修了通识核心课程后，才发现了自己真正的兴趣，然后调整自己的主修专业。香港中文大学明确提出“要肩负大学教育的使命，就不能单单着重专业技能的训练；要为社会培养真正的领袖，就应使学生有广阔的视野、综观全局而深入分析的能力、包容异见的胸襟和相当的文化修养”。大学要达到这个“均衡教育”的目标，通识教育是一个不可或缺的组成部分。
然而，如何处理好通识教育和专业教育之间的关系一直都是大学教育讨论中的一个主题和现实中的困难。在2008年上海“大学通识教育论坛”的讨论中，大家不约而同提到，这是在中国实施通识教育遇到的最大的困难和阻力。原北京大学校长许智宏当时就指出，在通识教育中淡化专业受到院系的阻力，“长期以来，我们的教师习惯于按照专业来培养学生……”因此，“实施通识教育首先要破除观念上的障碍”。香港中文大学前校长金耀基的观点是：“专业化不等于职业化。在不少大学里，职业化变成了一个主要的行为，大家都要考虑培养的人是否适合职业的需求。而职业化的教育背离了通识教育的目标。”复旦大学校长王生洪也曾撰文指出，通识教育与专业教育并非完全对立的关系，通识教育所排斥的，只是当前被高度片面化和极端化的专业教育。贯彻着博雅精神的科学合理的专业教育与通识教育的精神并不二致。
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